gnu并行中的两对双引号冲突

Question

命令失败，因为并行冲突的双引号与OFS =“\ t”的双引号。有什么建议可以使它有效吗？谢谢！

ls *bed | parallel -j 10 "intersectBed -a good-genes.gff -b {} -c | awk 'BEGIN{OFS="\t";} {print $1,$9,$4,$5,$7,$10}' > test.txt"

Answer 1

因为你有＆＃34;外部＆＃34;双引号，你也会遇到awk $变量的问题。我把它分成几块：

awk_body='BEGIN{OFS="\t";} {print $1,$9,$4,$5,$7,$10}'
ls *bed | parallel -j 10 "intersectBed -a good-genes.gff -b {} -c | awk '$awk_body' > test.txt"

Answer 2

GNU Parallel是好的，只引用部分脚本：

ls *bed | parallel -j 10 intersectBed -a good-genes.gff -b {} -c \| awk \''BEGIN{OFS="\t\";} {print $1,$9,$4,$5,$7,$10}'\' > test.txt

（引用最后一个＆gt;会导致竞争条件，因为所有正在运行的作业都会尝试写入test.txt。要么给它一个唯一的名称（{} .out或job {＃}。out）或者离开＆gt;外部（在这种情况下，所有作业的所有输出都将在此处结束））。

Answer 3

您可以使用"：

在引号内转义\

ls *bed | parallel -j 10 "intersectBed -a good-genes.gff -b {} -c | awk 'BEGIN{OFS=\"\t\";} {print $1,$9,$4,$5,$7,$10}' > test.txt"