Question

好的，我有这个程序以Newick格式稀疏代码，它提取一个名称，以及在系统发生树图中使用的距离。我的问题是，在这个代码分支中，当程序通过newickNode函数读取时，它将名称和距离分配给'node'变量，然后将其返回到'Node'类中进行打印，但似乎仅打印第一个节点'A'，并跳过另一个节点' 无论如何在newickNode中完成for循环以读取其他3个节点并使用第一个节点进行相应的打印？

class Node:
    def __init__(self, name, distance, parent=None):
        self.name = name
        self.distance = distance
        self.children = []  
        self.parent = parent

    def displayNode(self):
        print "Name:",self.name,",Distance:",self.distance,",Children:",self.children,",Parent:",self.parent

def newickNode(newickString, parent=None):
    String = newickString[1:-1].split(',')
    for x in String:
        splitString = x.split(':')
        nodeName = splitString[0]
        nodeDistance = float(splitString[1]) 
        node = Node(nodeName, nodeDistance, parent)
        return node

Node1 = newickNode('(A:0.1,B:0.2,C:0.3,D:0.4)')
Node1.displayNode()

谢谢！

Answer 1

你可以把它变成一个发电机：

def newickNode(newickString, parent=None):
    String = newickString[1:-1].split(',')
    for x in String:
        splitString = x.split(':')
        nodeName = splitString[0]
        nodeDistance = float(splitString[1]) 
        node = Node(nodeName, nodeDistance, parent)
        yield node

for node in newickNode('(A:0.1,B:0.2,C:0.3,D:0.4)'): 
    node.displayNode()

生成器将一次返回一个节点并在函数内暂停，然后在您想要下一个节点时恢复。

或者只是将它们保存并返回

def newickNode(newickString, parent=None):
    String = newickString[1:-1].split(',')
    nodes = []
    for x in String:
        splitString = x.split(':')
        nodeName = splitString[0]
        nodeDistance = float(splitString[1]) 
        node = Node(nodeName, nodeDistance, parent)
        nodes.append(node)
    return nodes

Answer 2

您的newickNode()函数应累积节点列表并返回该节点，而不是返回创建的第一个节点。如果您要这样做，为什么要开始循环？

def newickNodes(newickString, parent=None):
    nodes = []
    for node in newickString[1:-1].split(','):
        nodeName, nodeDistance = node.split(':')
        nodes.append(Node(nodeName, nodeDistance, parent))
    return nodes

或者，您可以将其编写为一次生成一个节点的生成器。这将允许您轻松地迭代它们或根据您的需要将它们转换为列表。

def newickNodes(newickString, parent=None):
    for node in newickString[1:-1].split(','):
        nodeName, nodeDistance = node.split(':')
        yield Node(nodeName, nodeDistance, parent)

另外，从面向对象的设计POV来看，这应该是Node类parseNewickString()或类似的类的方法。

Answer 3

或者，您的newickNode()函数可以在每次循环时立即在新节点上调用node.displayNode()。

Answer 4

为了让这更加灵活 - 我会使用pyparsing处理Newick文本和networkx，因此我拥有了我想要的所有图形功能 - 推荐给easy_install / {{1那些模块。有人编写了一个已经创建了节点和树的解析器也很好（虽然看起来它缺少某些功能，但它适用于你的情况）：

http://code.google.com/p/phylopy/source/browse/trunk/src/phylopy/newick.py?r=66

Answer 5

第一次通过for:循环，return一个节点，停止执行该功能。

如果要返回节点列表，请在函数顶部创建列表，每次循环都附加到该列表，并在完成后返回列表。

将循环移到newickNode函数之外可能更有意义，并且该函数只返回单个节点，顾名思义。

Python For ...循环迭代

5 个答案: