Question

我使用R来计算文件中列的平均值，如下所示：

R
file1 = read.table("x01")
mean(file1$V4)

但是我没有经验构建涉及R的循环，只有bash。我如何将其转换为为文件夹中的每个文件执行此操作的循环，并将输出保存到一个文件名和平均值为每行2列的文件中？例如：

x01(or file1 if that is simpler) 23.4
x02 25.4
x03 10.4

等

（不介意解决方案是bash和R还是R）非常感谢你的帮助！

使用bash和R的其中一个解决方案的当前错误：

Error in `[.data.frame`(read.table("PercentWindowConservedRanked_Lowest_cleanfor1000genomes_1000regions_x013",  : 
  undefined columns selected
Calls: mean -> [ -> [.data.frame
Execution halted

Answer 1

这类似于@jmsigner所做的，但稍作修改。例如，最后写入文件。该代码尚未经过测试。

out <- lapply(list.files(), FUN = function(x) {
    m <- mean(read.table(x, header = TRUE)$V4)
    return(m)
  })
result <- do.call("cbind", out) #merge a list column-wise
# before writing, you can make column names pretty with colnames()
# e.g. colnames(result) <- c("x01", "x02")
write.table(result, file = "means.txt")

Answer 2

假设列的名称始终相同，您可以在R：

中执行以下操作

out.file <- 'means.txt'
for (i in list.files()) {
    tmp.file <- read.table(i, header=TRUE)  # Not sure if you have headers or not
    tmp.mean <- mean(tmp.file1$V4)
    write(paste0(i, "," tmp.mean), out.file, append=TRUE)
}

或者更多bash：

for i in $(ls *)
do
  mean=$(Rscript -e "mean(read.table('$i', header=T)[, 'V4'])")
  echo $i,$mean >> means.txt
done

Answer 3

我的解决方案也类似于@jmsinger，但您可以在代码本身中指定文件的路径，然后像这样计算平均值：

filename <- system("ls /dir/",intern=TRUE)

for(i in 1:length(filename)){

file <- read.table(filename[i],header=TRUE) ## if you have headers in your files ##
mean <- mean(file$V4)

write.table(mean,file=paste("/dir",paste("mean",filename[i],sep="."),sep="/")) 
##if you wish to write the means of all the files in seperate files rather than one.
}

希望这会有所帮助

循环遍历R中的文件

3 个答案: