Question

我正在研究python和bio序列我有一个序列。

seq1 = \
...        """ atgaaatttatcattgaacgtgagcatctgctaaaaccactgcaacaggtcagtagcccg
...        ctgggtggacgccctacgttgcctattttgggtaacttgttgctgcaagtcacggaaggc
...        tctttgcggctgaccggtaccgacttggagatggagatggtggcttgtgttgccttgtct
...        cagtcccatgagccgggtgctaccacagtacccgcacggaagttttttgatatctggcgt
...        ggtttacccgaaggggcggaaattacggtagcgttggatggtgatcgcctgctagtgcgc
...        tctggtcgcagccgtttctcgctgtctaccttgcctgcgattgacttccctaatctggat
...        gactggcagagtgaggttgaattcactttaccgcaggctacgttaaagcgtctgattgag
...        tccactcagttttcgatggcccatcaggatgtccgttattatttgaacggcatgctgttt
...        gagaccgaaggcgaagagttacgtactgtggcgaccgatgggcatcgcttggctgtatgc
...        tcaatgcctattggccagacgttaccctcacattcggtgatcgtgccgcgtaaaggtgtg
...        atggagctggttcggttgctggatggtggtgatacccccttgcggctgcaaattggcagt
...        aataatattcgtgctcatgtgggcgattttattttcacatctaagctggttgatggccgt
...        ttcccggattatcgccgcgtattgccgaagaatcctgataaaatgctggaagccggttgc
...        gatttactgaaacaggcattttcgcgtgcggcaattctgtcaaatgagaagttccgtggt
...        gttcggctctatgtcagccacaatcaactcaaaatcactgctaataatcctgaacaggaa
...        gaagcagaagagatcctcgatgttagctacgaggggacagaaatggagatcggtttcaac
...        gtcagctatgtgcttgatgtgctaaatgcactgaagtgcgaagatgtgcgcctgttattg
...        actgactctgtatccagtgtgcagattgaagacagcgccagccaagctgcagcctatgtc
...        gtcatgccaatgcgtttgtag"""

seq2 = \
...        """ accgtagcatctgctaaaaccagtacgcccg
...        ctgggtggacgatgcaacttgttgctgcaagtcacggaaggc
...        tctttgcggctgaccggtaccgacttggagatggagatggtggcttgtgttgccttgtct
...        cagtcccatgagccgggtgctaccacagtacccgcacggaagttttttgatatctggcgt
...        ggtttacccgaaggggcggaaattacggtagcgttggatggtgcatgatcgcctgctagtgcgc
...        tctggtcgcagccgtttctcgctgtctaccttgcctgcgattgacttccctaatctggat
...        gactggcagagtgaggttgaattcactttaccgcaggctacgttaaagcgtctgattgag
...        tccactcagttttcgatgctatttatgtccgttattatttgaacggcatgctgttt
...        gagaccgaaggcgaagagttacgtactgtggcgaccgatgggcatcgcttggctgtatgc
...        tcaatgcctattggccaggctaattcggtgatcgtgccgcgtaaaggtgtg
...        atggagctggttcggttgctggatggtggtgatacccccggcccctgcaaattggcagt
...        aataatattcgtgctcatgtgggcgattttattttcacatctaagctggttgatggccgt
...        ttcccggattatcgccgcgtattgccgaagaatcctgataaaatgctggaagccggttgc
...        gtcatgccaatgcgtttgtag"""

我想知道seq1和seq2中有多少个字符串是相同的，以及它们各自的位置。这不仅是模式匹配，也是获得位置。任何人都可以告诉我如何使用python做同样的事情？

Answer 1

索引器功能会将所有位置作为列表返回

def indexer(s, sub):
    positions=[]
    pos=0
    while True:
        pos=s.find(sub,pos+1)
        if pos==-1:
            return positions
        else:
            positions.append(pos)

匹配器函数将返回一个字典。 dict中的每个键都是a和b中可用的序列，相应的dict值是2项元组，包含a的所有匹配位置和b的所有匹配位置：

def matcher(a,b):
    sequences=set()
    for l in range(1,len(a)):
        for pos in range(len(a)):
            sequences.add(a[pos:pos+l])
    for l in range(1,len(b)):
        for pos in range(len(b)):
            sequences.add(b[pos:pos+l]) 
    matches={}
    for seq in sequences:
        matches_a=indexer(a,seq)
        matches_b=indexer(b,seq)
        if result_a and result_b:
            matches[seq]=(matches_a,matches_b)
    return matches

此示例应该有效：

print matcher('asdfasdfa','asdfasasdfasdfasdfadfasdfdf')

Answer 2

您可以使用index：

>>> seq.index(str)
1046

请注意，它会找到你第一次出现的位置。然后，您可以尝试从切片中找到其他事件。

<强> EDITED

当有几个出现时，这样的循环可以起作用：

test = seq1 + ""
try:
    while test:
        position = test.index(str_)
        positions.append(position + last_position)
        position += len(str_)
        last_position += position
        test = test[position:]
except ValueError:
    print positions

我们制作seq字符串的副本，因为我们将使用它。然后，我们继续使用index方法检查位置，将其存储在positions中并相应地更新字符串。

[PS]调用变量str这个坏主意，你要覆盖内置的......

Answer 3

也许Wikibooks可以帮助您入门？

使用python进行字符串模式匹配

3 个答案: