找到与点图匹配的函数

Question

    ggplot(test,aes(x=timepoints,y= mean,ymax = mean + sde, ymin = mean  - sde)) + 
       geom_errorbar(width=2) +
       geom_point() +
       geom_line() +
       stat_smooth(method='loess') + 
       xlab('Time (min)') +
       ylab('Fold Induction') +          
       opts(title = 'yo')   

我可以绘制蓝色的'黄土'线。但有没有办法找到蓝色'黄土'线的数学函数？

Answer 1

您可以获得常规序列的预测：

 fit <-loess( mean ~ timepoints, data=test)
 fit.points <- predict(fit, newdata=  data.frame(
                  speed = seq(min(timepoints), max(timepoints), length=100)), 
              se = FALSE)
 fitdf <- dataframe(x = seq(min(timepoints), max(timepoints), length=100)
                    y = fit.points)

然后，您可以使用适当程度的样条拟合这组点。可以比loess拟合更容易地描述三次样条拟合。将您提供的数据示例与变量名称的答案同步更容易。该图似乎不是用该代码创建的。

Answer 2

要了解如何计算黄土线，请参阅TeachingDemos包中的loess.demo函数。这是一个交互式图形演示，将显示如何根据数据和带宽参数为每个x值计算每个点的y值（它还显示原始黄土拟合和通常适合的样条曲线的差异）黄土估计）。