R 64在SIMPROF期间内存不足

时间:2012-10-01 05:30:46

标签: r memory-management cluster-analysis

我是R的新手,目前我正在尝试对1000个观测值和24个变量的小型数据集进行SIMPROF分析(clustsig包)。大约30次迭代后,我收到以下错误:

  

错误:无法分配大小为1.3 Mb的向量。   此外:有39个警告(使用警告()来查看它们)

所有其他警告与R达到总分配8183Mb

有关

我用来运行分析的方法如下。

Data <- read.csv(file.choose(), header=T, colClasses="numeric")
Matrix <- function(Data) vegan::vegdist(Data, method="gower")
SimprofOutput <- simprof(Data, num.expected=1000, num.simulated=999, method.cluster="average", method.distance=Matrix, alpha = 0.10, silent=FALSE, increment=100)

我想知道是否有其他人在运行SIMPROF分析时遇到问题,或者有任何想法如何阻止R耗尽RAM。我正在运行64位Win7 Enterprise并在具有8GB RAM的机器上使用R 2.15.1

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