Question

我有一个大循环，我试图计算DEM（4800x6000）中每个像素的某些属性。我正在调用一个函数demPHV，其中我已经向所有计算输出了一个包含26个字段的结构。我有4个核心，但也可以访问多核集群。我想加快运行这几周所需的时间。

Z是此示例的dem。 R是spatialref对象（例如，矢量）。 latlim和lonlim是美国西部海岸线的纬度和长度的矢量（在示例中组成了对）。例如：

Z=rand(48,60);
R=makerefmat(120,40,.5,.5)
latlim=[40:60]';
lonlim=[136:(143-136)/(length(latlim)-1):143]';

然后我的原始循环：

for col=11:size(Z,2)-11
    for row=11:size(Z,1)-11
        dpv=demPHV(Z,R,row,col,latlim,lonlim)

    fn=fieldnames(dpv);
    for k=1:length(fieldnames(dpv))
        DEM_PHV.(fn{k}).{row,col}=dpv.(fn{k});
    end
end

用于并行化的循环：

选项1：

[rows, cols] = meshgrid(12:(size(Z,1)-12), 12:(size(Z,2)-12));
inds = sub2ind(size(Z), rows, cols);
inds = inds(:)';
parfor i=inds(1):inds(end)
       dpv=demPHV(Z,R,i,latlim,lonlim)
end

这包括在函数demPHV中使用的函数中的[r,c]=ind2sub(size(Z),i)。

选项2：

parfor col=11:size(Z,2)-11
    for row=11:size(Z,1)-11
         dpv=demPHV(Z,R,row,col,latlim,lonlim)
    end
end

parfor需要连续的整数，因此有些变化。我必须排除边界的11行和列，因为我的函数使用周围的像素来计算一些属性。

所以，我的问题：

您是否希望这两个选项中的任何一个比另一个更快？
parfor不允许我包含原始循环的第二部分：

fn=fieldnames(dpv);

for k=1:length(fieldnames(dpv))

DEM_PHV.(fn{k}).{row,col}=dpv.(fn{k});

end

在此期间我将输出结构分配给另一个变量。最终目标是让变量DEM_PHV具有我需要的每个属性的字段，并且每个字段都是矩阵大小（Z），其中每个单元格是该属性的对应值。我试图让我的函数输出矩阵的正确单元格中的值，但是除了位置[]的值之外，我得到一个带row,col的矩阵大小（Z）。这似乎是一种非常低效的内存使用......任何更好的建议？我希望我涵盖了一切。谢谢你的期待！

Answer 1

我得到了以下代码，可以将每个函数结果存储到一个结构数组中。可能有更好的方法，因为现在我需要从结构中的每个字段中提取每个值到它自己的矩阵。

是否有人建议您创建以下内容：DEM_PHV = struct('field1',[dPHV{:}.field1],'field2',[dPHV{:}.field2])，其中每个字段中的每个矩阵都为size(Z)。矩阵中的单元格将包含单个值或一对，例如[lat，long]。

dPHV=cell(110,110);
parfor col=11:110%size(Z,2)-11
    for row = 11:110%size(Z,1)-11
       pixel_attributes=demPHV(Z,R,row,col,latlim,lonlim); %function produces structure of variables, each iteration is another pixel
       dPHV{row,col}=structfun(@(x) x,pixel_attributes,'UniformOutput',false)   
    end
end

编辑：因为这可能是kludgey，以下工作用于重新分配变量。我很乐意采取一种更为“MATLAB”方式的建议。

% find all field names and get size of output
fn=fieldnames(dPHV{11,11});
[I, J]=size(dPHV);

%initialize final output
for f=1:numel(fn)
    DEM_PHV.(fn{f})=cell(size(dPHV));
end
% loops through datastructure to populate new fields
for i=11:I-11
    for j=11:J-11
        for f=1:numel(fn)
            DEM_PHV.(fn{f}){i,j}=dPHV{i,j}.(fn{f});
        end
    end
end

并行化一个大循环

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