Question

如何获得预期的输出

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或那些线的一些排列？

ranktest.c

#include <mpi.h>
#include <stdio.h>
int main(int argc, char *argv[]){
    MPI_Init(NULL, NULL);
    int world_rank;
    MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &world_rank);
    int world_size;
    MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &world_size);
    printf("rank %d\n", world_rank);
    printf("size %d\n", world_size);
    MPI_Finalize();
    return 0;
}

编译并运行

tsbertalan@hustlenbustle:~$ mpicc ranktest.c
tsbertalan@hustlenbustle:~$ mpirun -np 2 ./a.out 
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在另一位主持人身上：

tsbertalan@stamp:~$ mpicc ranktest.c
tsbertalan@stamp:~$ mpirun -np 2 ./a.out 
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我试过

tsbertalan@hustlenbustle:~$ sudo aptitude reinstall openmpi-bin libopenmpi-dev

但没有改变。 / etc / openmpi / openmpi-default-hostfile和/etc/openmpi/openmpi-mca-params.conf都只包含两个主机上的注释。这可能有什么不同？

更改为MPI_Init(&argc, &argv)，或者更改为int main()也无效。

真正的问题，多亏了user3469194：

linuxmint@linuxmint ~ $ sudo aptitude remove libopenmpi-dev mpich2
linuxmint@linuxmint ~ $ sudo aptitude install libmpich2-dev openmpi-bin
linuxmint@linuxmint ~ $ mpicc ranktest.c
linuxmint@linuxmint ~ $ mpirun -np 2 ./a.out
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linuxmint@linuxmint ~ $ sudo aptitude remove libmpich2-dev openmpi-bin
linuxmint@linuxmint ~ $ sudo aptitude install libopenmpi-dev mpich2
linuxmint@linuxmint ~ $ mpicc ranktest.c
linuxmint@linuxmint ~ $ mpirun -np 2 ./a.out
[linuxmint:16539] [[INVALID],INVALID] ORTE_ERROR_LOG: A system-required executable either could not be found or was not executable by this user in file ../../../../../../orte/mca/ess/singleton/ess_singleton_module.c at line 357

（加上更多）

回复一些建议： （参见this github repo，2012年12月1日的提交。）

尝试在MPI_Init（）之前移动world_rank和world_size的定义，它会改变什么吗？

当然，这种方法效果不好：

tsbertalan@perrin:~/svn/524hw4$ git checkout 7b5e229 ranktest.c
(reverse-i-search)`clean': tsbertalan@hustlenbustle:~/Documents/School/12fall2012/524apc524/hw/hw4$ make ^Cean && make ranktest && mpirun -np 2 ranktest
tsbertalan@perrin:~/svn/524hw4$ make clean && make ranktest && mpirun -np 2 ranktest
rm -f heat_serial heat_omp heat_mpi heat_serial_O* ranktest
mpicc ranktest.c -o ranktest
*** An error occurred in MPI_Comm_rank
*** before MPI was initialized
*** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (your MPI job will now abort)
[perrin:15206] Abort before MPI_INIT completed successfully; not able to guarantee that all other processes were killed!
*** An error occurred in MPI_Comm_rank
*** before MPI was initialized
*** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (your MPI job will now abort)
[perrin:15207] Abort before MPI_INIT completed successfully; not able to guarantee that all other processes were killed!
tsbertalan@perrin:~/svn/524hw4$ git checkout HEAD ranktest.c

或者，在我的家用电脑上：

tsbertalan@hustlenbustle:~/Documents/School/12fall2012/524apc524/hw/hw4$ git checkout 7b5e229 ranktest.c
tsbertalan@hustlenbustle:~/Documents/School/12fall2012/524apc524/hw/hw4$ vim ranktest.c 
tsbertalan@hustlenbustle:~/Documents/School/12fall2012/524apc524/hw/hw4$ make clean && make ranktest && mpirun -np 2 ranktest
rm -f heat_serial heat_omp heat_mpi heat_serial_O* ranktest
mpicc ranktest.c -o ranktest
Attempting to use an MPI routine before initializing MPICH
Attempting to use an MPI routine before initializing MPICH
tsbertalan@hustlenbustle:~/Documents/School/12fall2012/524apc524/hw/hw4$ git checkout HEAD ranktest.c

这几乎总是运行用一个MPI编译的程序与另一个mpirun的问题。第一台机器（hustlenbustle）是否也安装了mpich2？事情在哪里出现？特别是which mpicc和which mpirun的结果是什么？

我在每次尝试之前都会在每台计算机上重新编译。我继续前进made a make target。但是，根据要求：

tsbertalan@hustlenbustle:~$ which mpicc
/usr/bin/mpicc
tsbertalan@hustlenbustle:~$ which mpirun
/usr/bin/mpirun

tsbertalan@perrin:~/svn/524hw4$ which mpicc
/usr/bin/mpicc
tsbertalan@perrin:~/svn/524hw4$ which mpirun
/usr/bin/mpirun

而且，对于shiggles，这是一些aptitude搜索hnb和perrin的输出。如果我应该搜索其他内容，请告诉我。

在Open MPI下，以下命令应打印出版本：mpirun -V。如果它不打印mpiexec (OpenRTE) 1.x.x.，则可能与运行时间不匹配。

tsbertalan@hustlenbustle:~$ mpirun -V
mpirun (Open MPI) 1.4.3

tsbertalan@perrin:~/svn/524hw4$ mpirun -V
mpirun (Open MPI) 1.4.1

但是，我正在为每次测试重新编译。

也许sudo aptitude reinstall SOMETHING可能会有所帮助？

Answer 1

在我的计算机上的mpic.c版本中找到了这段代码（当我安装了带有mpi的新软件包时，这给我带来了麻烦）。看来您的计算机上有这样的东西，而另一台主机的版本正确。

int MPI_Comm_rank( MPI_Comm comm, int *rank)
{
  *rank=0;
  return 0;
}

如您所见，rank始终设置为0（类似的大小函数可能将变量设置为1）。

Answer 2

我也有这个问题。问题是mpicc是OpenMPI（看到这个，只是运行mpicc -v），而mpirun是MPICH2（mpirun -V）。我只是通过卸载MPICH2来解决它。

MPI_Comm_rank总是写0

2 个答案: