使用带有Rcpp的第三方头文件

时间：2012-12-21 18:23:02

标签： c++ r rcpp

我有一个名为coolStuff.h的头文件，其中包含我想在cpp源文件中使用的函数awesomeSauce(arg1)。

目录结构：

  • RworkingDirectory
    • sourceCpp
      • theCppFile.cpp
    • cppHeaders
      • coolStuff.h

守则：

#include <Rcpp.h>
#include <cppHeaders/coolStuff.h>
using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
double someFunctionCpp(double someInput){

 double someOutput = awesomeSauce(someInput);

return someOutput;
}

我收到错误：

 theCppFile.cpp:2:31: error: cppHeaders/coolStuff.h: No such file or directory

我已经移动了整个地方的文件和目录，似乎无法让它工作。我看到使用第三方标题的例子就是这样说的：

#include <boost/array.hpp>

（来自Hadley / devtools）

https://github.com/hadley/devtools/wiki/Rcpp

那是什么给出的？我整个上午一直在寻找，并且找不到像我这样简单事情的答案。

更新01.11.12

好了，现在我已经想出如何在Rstudio中构建使用Rcpp的软件包，让我重新解释一下这个问题。我有一个独立的头文件coolStuff.h，它包含我想在我的cpp代码中使用的函数。

1）我应该在包目录结构中放置coolStuff.h，以便它包含的函数可以由theCppFile.cpp使用吗？

2）如何在cpp文件中调用coolStuff.h？再次感谢你的帮助。我从上次谈话中学到了很多东西。

注意：我读了小插图＆＃34;编写一个使用Rcpp＆＃34;它没有解释如何做到这一点。

答案：

好的，让我总结一下我的问题的答案，因为它分散在这个页面上。如果我得到一个错误的细节，请随时编辑或告诉我，我将对其进行编辑：

因此，您找到了一个.h或.cpp文件，其中包含您要编写的.cpp文件中要使用的函数或其他一些代码，以便与{{1}一起使用}}。

让我们继续调用此找到的代码Rcpp并调用您要使用的函数coolStuff.h。让我们调用您正在编写的文件awesomeSauce()。

（我应该注意，.h文件和.cpp文件中的代码都是C ++代码，它们之间的区别在于C ++程序员以正确的方式保持组织。我将讨论差异在这里，但在SO上的简单搜索会引导你讨论差异。对于你需要使用你发现的代码的R程序员，没有真正的区别。）

简称：您可以使用theCppFile.cpp这样的文件，前提是它不会调用其他库，只需剪切并粘贴到coolStuff.h，或者创建一个包可以将文件放在带有theCppFile.cpp文件的\src目录中，并使用您正在编写的文件顶部的theCppFile.cpp。后者更灵活，允许您在其他#include "coolStuff.h"文件中使用coolStuff.h中的函数。

详情：

1）.cpp不得调用其他库。这意味着它不能在顶部包含任何include语句。如果是这样，我在下面详述的内容可能无法正常工作，并且使用调用其他库的已找到代码超出了此答案的范围。

2）如果您想使用coolStuff.h编译文件，则需要将sourceCpp()剪切并粘贴到coolStuff.h。我被告知存在异常，但theCppFile.cpp旨在编译一个sourceCpp()文件，因此这是最佳路径。

（注意：我不保证简单的剪切和粘贴可以开箱即用。您可能必须重命名变量，或者更有可能切换所使用的数据类型与您在{{{ 1}}。但到目前为止，使用6种不同的简单.cpp文件，剪切和粘贴对我来说很简单。

3）如果您只需要使用theCppFile.cpp中.h的代码而不是其他地方的代码，那么您应该将其剪切并粘贴到coolStuff.h。

（我再也不保证看到上面关于剪切和粘贴的说明）

4）如果要使用theCppFile.cpp和其他theCppFile.cpp文件中coolStuff.h中包含的代码，则需要研究构建包。这并不难，但可能有点棘手，因为有关使用Rcpp构建软件包的信息范围从您想要的任何R软件包的详尽彻底的文档（但是作为新手高于您的头脑），以及新手敏感介绍（可能会遗漏一些你正好需要的）。

以下是我的建议：

A）首先获取theCppFile.cpp的版本，其中.cpp代码剪切并粘贴到theCppFile.cpp，并使用coolStuff.h进行编译，并按预期工作。这不是必须的，但是如果您不熟悉Rcpp OR软件包，那么在转移到下面更复杂的情况之前，确保您的代码在这种简单的情况下工作是很好的。

B）现在使用theCppFile.cpp构建您的包或使用RStudio中的Build功能（强烈推荐）。您可以在hadley/devtools或Rcpp Attributes Vignette中找到有关使用sourceCpp()的详细信息。使用Rcpp编写软件包的完整文档在Writing a package that uses Rcpp中，但是这个假设您已经很好地了解了C ++，并且没有使用新的＆＃34;属性＆＃34;做Rcpp的方式。

别忘了＆＃34; Build＆amp;刷新＆＃34;如果您不在RStudio中使用RStudio或Rcpp.package.skeleton()

C）现在您应该在\ R目录中看到一个名为Rcpp.package.skeleton()的文件。打开它并检查出来。在compileAttributes()中，您应该看到RcppExports.R目录中所有.cpp文件的R包装函数。很甜蜜。

D）尝试与您在RcppExports.R中编写的功能相对应的R功能。它有用吗？如果是这样的话。

E）建立您的软件包后，您可以\src将theCppFile.cpp移动到coolStuff.h文件夹中。

F）现在你可以从src和theCppFile.cpp的顶部（以及你想使用coolStuff.h中的代码的任何其他.cpp文件）中删除剪切和粘贴代码。在theCppFile.cpp之后theCppFile.cpp。请注意，ranker.h周围没有括号，而是有＃34;＆＃34;。当包含用户提供的本地文件而不是像Rcpp或STL等库文件时，这是一个C ++约定...

G）现在你必须重建包。在RStudio，这只是＆＃34; Build＆amp;刷新＆＃34;在“生成”菜单中。如果您不使用RStudio，则应运行#include "coolStuff.h"

H）现在再次尝试R功能，就像在步骤D）中那样，希望它能正常工作。

7 个答案:

答案 0 :(得分：20)

问题是sourceCpp明确设计为仅构建一个独立的源文件。如果您希望sourceCpp具有依赖关系，那么它们必须是：

  1. 在系统包含目录（即/usr/local/lib或/usr/lib）;或

  2. 在您在Rcpp::depends属性

    3. 中列出的R包中

    正如Dirk所说，如果你想构建多个源文件，那么你应该考虑使用R包而不是sourceCpp。

    请注意，如果您正在处理包并在包的src目录中的文件上执行sourceCpp，它将构建它就像它在包中一样（即，您可以包含来自src目录或inst / include目录）。

答案 1 :(得分：7)

通过在调用sourceCpp之前设置两个环境变量，我能够链接任何库（在本例中为MPFR）：

Sys.setenv("PKG_CXXFLAGS"="-I/usr/include")
Sys.setenv("PKG_LIBS"="-L/usr/lib/x86_64-linux-gnu/ -lm -lmpc -lgmp -lmpfr")

第一个变量包含库头的路径。第二个包括库二进制文件的路径及其文件名。在这种情况下，还需要其他依赖库。有关更多详细信息，请检查g ++编译并链接flags。通常可以使用pkg-config：

获取此信息 
pkg-config --cflags --libs mylib

为了更好地理解，我建议使用带有详细输出的sourceCpp来打印g ++编译和链接命令：

sourceCpp("mysource.cpp", verbose=TRUE, rebuild=TRUE)

答案 2 :(得分：4)

在调用sourceCpp

之前，我能够使用R中的以下全局命令链接一个boost库 
Sys.setenv("PKG_CXXFLAGS"="-I \path-to-boost\")

基本上镜像这篇文章，但使用不同的编译器选项：http://gallery.rcpp.org/articles/first-steps-with-C++11/

答案 3 :(得分：2)

一些事情：

  1. 在您的主题中使用“第三方标题库”毫无意义。

  2. 第三方标题可以通过模板化代码工作，其中只需要标题，即只有一个包含步骤，编译器会解决问题。

  3. 一旦你需要库和目标代码的实际链接，除非你通过插件（或env.vars）给它提供元信息，否则你可能无法使用强大且有用的sourceCpp。

  4. 因此，在这种情况下，请写一个包。

    5. 简单而简单的事情就是使用Rcpp和新属性，或旧的内联和cxxfunction。更多用于复杂用途---外部库 更复杂，您需要查阅文档。为此我们为Rcpp添加了几个小插曲。

答案 4 :(得分：1)

尖括号＆lt;＆gt;用于系统包括，例如标准库。

对于您自己项目的本地文件，请使用引号：＆＃34;＆＃34;。

此外，如果您将标题放在不同的目录中，则应在包含它的源文件的本地指定标题路径。

因此，对于您的示例，这应该有效：

#include "../cppHeaders/coolStuff.h"

您可以配置搜索路径，以便可以在不执行此操作的情况下找到该文件，但对于您希望包含在多个项目中的内容，或者其他人希望有人能够这样做，通常只会这样做。 ;安装＆＃39;

答案 5 :(得分：1)

我们可以通过将路径写入PKG_CXXFLAGS文件的.R/Makevars变量中的标头来添加它，如下所示。以下是在macOS中添加与Anaconda一起安装的xtensor头文件的示例。

⋊> ~ cat ~/.R/Makevars                                                                                                                              
CC=/usr/local/bin/gcc-7
CXX=/usr/local/bin/g++-7
CPLUS_INCLUDE_PATH=/opt/local/include:$CPLUS_INCLUDE_PATH
PKG_CXXFLAGS=-I/Users/kuroyanagi/.pyenv/versions/miniconda3-4.3.30/include
LD_LIBRARY_PATH=/opt/local/lib:$LD_LIBRARY_PATH
CXXFLAGS= -g0 -O3 -Wall
MAKE=make -j4

答案 6 :(得分：0)

这在Windows中对我有用：

Sys.setenv("PKG_CXXFLAGS"='-I"C:/boost/boost_1_66_0"')

编辑：实际上，如果您使用Boost Headers（感谢Ralf Stubner），则不需要：

// [[Rcpp::depends(BH)]]

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