使用ImageJ测量强度

Question

我们必须使用imagej测量某些图像区域的荧光强度。我们想出了以下步骤来测量强度。虽然它似乎是正确的，但我的问题是 - ＆gt;我们实际上是通过以下步骤正确测量强度，还是我们错误地测量其他东西并且认为该值是强度？

1. 使图像为8位
2. 阈值图像（图像＆gt;调整＆gt;阈值）以勾勒出所有区域，然后点击应用
3. Open Analyze＆gt;分析粒子。确保单击“添加到管理员”
4. 分析＆gt; <分析粒子>显示＆gt;裸露的轮廓。这将打开一个新的图像。
5. 打开彩色显微镜图像。然后，图像＆gt;覆盖＆gt;来自投资回报率经理。
6. 图片＆gt;覆盖＆gt;致投资回报率经理。
7. 在ROI管理器中：按“测量”。（将弹出一个包含单个数据点的结果窗口）
8. 右键单击“结果”窗口，然后单击“汇总”。
9. 记录平均强度数据

我们是否正确使用上述步骤测量平均强度数据？

Answer 1

在imageJ中测量强度时需要注意的一些事项：

1. ImageJ自动将图像转换为8位
2. 如果可以，您应该始终使用RAW
3. 如果您的显微镜无法将文件保存为RAW格式，则必须使用.tif，其他格式会创建工件
4. 如果您使用.tif格式
，则单独保存频道而不是RGB堆栈

在阈值之前，您必须分割通道，特别是如果您正在寻找特定波长的荧光。

您还需要使用＆＃34; Watershed＆＃34;在阈值之后起作用，因此它将勾勒出单个细胞，使您可以避免勾勒出一组整齐的细胞。这样您就可以测量它们各自的强度。然而，它并不完美，所以一旦ROI弹出并且细胞已通过粒子分析概述，您必须通过并确保它测量单个细胞。应删除包含多个单元格的任何轮廓。还要寻找奇形怪状细胞或微核，也应该删除它们。

现在我假设你正在测量人体癌细胞。您应该使用以下设置：



完成所有这些后，您应用叠加层。无论您覆盖的是什么图像，您还必须分割其中的通道并使用包含您正在测量的波长的通道（即：Alexaflour 488将位于GFP通道中）。

如果你一直在收集数据而不这样做，我会把所有数据都丢弃，因为收集它的程序并没有控制任何事情。

同样为where to go to ask this stuff。