将多个CSV文件中的列合并为一个文件

时间:2013-01-25 21:33:29

标签: python csv

我有一堆CSV文件(下例中只有两个)。每个CSV文件有6列。我想进入每个CSV文件,复制前两列并将它们作为新列添加到现有CSV文件中。

到目前为止,我有:

import csv

f = open('combined.csv')
data = [item for item in csv.reader(f)]
f.close()

for x in range(1,3): #example has 2 csv files, this will be automated
    n=0
    while n<2:
        f=open(str(x)+".csv")
        new_column=[item[n] for item in csv.reader(f)]
        f.close()
        #print d

        new_data = []

        for i, item in enumerate(data):
            try:
                item.append(new_column[i])
                print i
            except IndexError, e:
                item.append("")
            new_data.append(item)

        f = open('combined.csv', 'w')
        csv.writer(f).writerows(new_data)
        f.close()
        n=n+1

这个有用,它不漂亮,但它有效。 但是,我有三个小烦恼:

  1. 我打开每个CSV文件两次(每列一次),这很不优雅

  2. 当我打印combined.csv文件时,它会在每行后面打印一个空行?

  3. 我必须提供一个combined.csv文件,其中至少包含与我可能拥有的最大文件一样多的行。由于我真的不知道这个数字是什么,这有点糟透了

  4. 一如既往,非常感谢任何帮助!!

    根据要求: 1.csv看起来像(模拟数据)

    1,a
    2,b
    3,c
    4,d
    

    2.csv看起来像

    5,e
    6,f
    7,g
    8,h
    9,i
    

    combined.csv文件应该看起来像

    1,a,5,e
    2,b,6,f
    3,c,7,g
    4,d,8,h
    ,,9,i
    

4 个答案:

答案 0 :(得分:6)

import csv
import itertools as IT

filenames = ['1.csv', '2.csv']
handles = [open(filename, 'rb') for filename in filenames]    
readers = [csv.reader(f, delimiter=',') for f in handles]

with  open('combined.csv', 'wb') as h:
    writer = csv.writer(h, delimiter=',', lineterminator='\n', )
    for rows in IT.izip_longest(*readers, fillvalue=['']*2):
        combined_row = []
        for row in rows:
            row = row[:2] # select the columns you want
            if len(row) == 2:
                combined_row.extend(row)
            else:
                combined.extend(['']*2)
        writer.writerow(combined_row)

for f in handles:
    f.close()

for rows in IT.izip_longest(*readers, fillvalue=['']*2):行 可以通过一个例子来理解:

In [1]: import itertools as IT

In [2]: readers = [(1,2,3), ('a','b','c','d'), (10,20,30,40)]

In [3]: list(IT.izip_longest(readers[0], readers[1], readers[2]))
Out[3]: [(1, 'a', 10), (2, 'b', 20), (3, 'c', 30), (None, 'd', 40)]

如您所见,IT.izip_longest的行为与zip非常相似,只是在消耗最长的可迭代时它不会停止。默认情况下,它会使用None填充缺少的项目。

如果readers中有超过3项,会发生什么? 我们想写

list(IT.izip_longest(readers[0], readers[1], readers[2], ...))

但这很费力,如果我们事先不知道len(readers),我们甚至无法用明确的东西替换省略号(...)。

Python有一个解决方案:the star (aka argument unpacking) syntax

In [4]: list(IT.izip_longest(*readers))
Out[4]: [(1, 'a', 10), (2, 'b', 20), (3, 'c', 30), (None, 'd', 40)]

请注意,结果Out[4]与结果Out[3]相同。

*readers告诉Python解包readers中的项目,并将它们作为单独的参数发送到IT.izip_longest。 这就是Python允许我们向函数发送任意数量的参数的方法。

答案 1 :(得分:6)

现在,似乎有必要为Python中的任何数据处理问题提供基于pandas的解决方案。所以这是我的:

import pandas as pd

to_merge = ['{}.csv'.format(i) for i in range(4)]
dfs = []
for filename in to_merge:
    # read the csv, making sure the first two columns are str
    df = pd.read_csv(filename, header=None, converters={0: str, 1: str})
    # throw away all but the first two columns
    df = df.ix[:,:1]
    # change the column names so they won't collide during concatenation
    df.columns = [filename + str(cname) for cname in df.columns]
    dfs.append(df)

# concatenate them horizontally
merged = pd.concat(dfs,axis=1)
# write it out
merged.to_csv("merged.csv", header=None, index=None)

对于文件

~/coding/pand/merge$ cat 0.csv 
0,a,6,5,3,7
~/coding/pand/merge$ cat 1.csv 
1,b,7,6,7,0
2,c,0,1,8,7
3,d,6,8,4,5
4,e,8,4,2,4
~/coding/pand/merge$ cat 2.csv 
5,f,6,2,9,1
6,g,0,3,2,7
7,h,6,5,1,9
~/coding/pand/merge$ cat 3.csv 
8,i,9,1,7,1
9,j,0,9,3,9

给出

In [21]: !cat merged.csv
0,a,1,b,5,f,8,i
,,2,c,6,g,9,j
,,3,d,7,h,,
,,4,e,,,,

In [22]: pd.read_csv("merged.csv", header=None)
Out[22]: 
    0    1  2  3   4    5   6    7
0   0    a  1  b   5    f   8    i
1 NaN  NaN  2  c   6    g   9    j
2 NaN  NaN  3  d   7    h NaN  NaN
3 NaN  NaN  4  e NaN  NaN NaN  NaN

我认为是正确的对齐方式。

答案 2 :(得分:2)

这是我为解决您的问题而编写的程序。它创建了一个类,用于保存有关要读取的每个CSV文件的信息,包括您希望从中获取哪些列。然后只有一个要读取的CSV文件列表,并从每个文件中读取一行。

由于您说它需要在读取所有输入文件之前保持返回行,因此它会为已到达结尾的输入文件返回虚拟值。它会一直读取行,直到完成所有输入文件。

此外,该程序只需要在内存中一次保留一行。因此,它甚至可以处理大型CSV文件而无需太多内存。

最初我丢失数据的虚拟值为-1。现在我看到你添加了一个例子,你只想要没有价值。当没有数据时,我已经将程序从使用-1更改为使用空字符串。

其中一个设计目标是使其可扩展。现在你需要前两列,但如果你以后需要其中一个文件中的第0列,第3列和第7列呢?因此,每个文件都有一个列表,其中包含要使用的列。

我实际上并没有编写代码来将输出文件重命名为原始文件名,但这很容易添加。

理想情况下,整个事情将被包装到一个类中,您可以在其中迭代一个类实例,并使用所有输入文件中的列返回一行。我没有花费额外的时间来做这件事,但如果你长期使用它,你可能想要这样做。此外,我从不打扰关闭任何输入文件,因为我认为程序将在我们编写输出文件后结束,然后一切都会关闭;但理想情况下,我们应该在使用后关闭所有文件!

import csv

fname_in = "combined.csv"
fname_out = "combined.tmp"

lst_other_fnames = [str(x) + ".csv" for x in range(1, 3)]

no_data = ''
def _no_data_list(columns):
    return [no_data for _ in columns]

class DataCsvFile(object):
    def __init__(self, fname, columns=None):
        self.fname = fname
        self.f = open(fname)
        self.reader = csv.reader(self.f)
        self.columns = columns
        self.done = False
    def next_columns(self):
        if self.done:
            return _no_data_list(self.columns)

        try:
            item = next(self.reader)
        except StopIteration:
            self.done = True
            return _no_data_list(self.columns)

        return [item[i] for i in self.columns]

# want all columns from original file
data_csv_files = [DataCsvFile(fname_in, range(5))]

# build list of filenames and columns: want first two columns from each
data_csv_files.extend(DataCsvFile(fname, range(2)) for fname in lst_other_fnames)


with open(fname_out, "w") as out_f:
    writer = csv.writer(out_f)

    while True:
        values = []
        for df in data_csv_files:
            columns = df.next_columns()
            values.extend(columns)
        if not all(df.done for df in data_csv_files):
            writer.writerow(values)
        else:
            break

答案 3 :(得分:1)

这是一个例子(为了简单起见,我使用字符串io而不是文件,但这不是必需的):

a = u"""
1,a
2,b
3,c
4,d
"""
b = u"""
5,e
6,f
7,g
8,h
9,i
"""
c = u"""
11,x
12,y
13,z
"""

import io, csv, itertools

data = []
expand = lambda it, size: it + [[''] * len(it[0])] * size

for f in [a, b, c]:
    with io.StringIO(f.strip()) as fp:
        d = list(csv.reader(fp))
        t = len(d) - len(data)
        data = d if not data else [
            x + y for x, y in itertools.izip_longest(
                expand(data, t), expand(d, -t))]

for r in data:
    print ','.join(r)    

# 1,a,5,e,11,x
# 2,b,6,f,12,y
# 3,c,7,g,13,z
# 4,d,8,h,,
# ,,9,i,,

使用真实文件(名为1.csv,2.csv等),主循环将如下所示:

for n in range(...):
    with open(str(n) + '.csv') as fp:
        d = list(csv.reader(fp))
        t = len(d) - len(data)
        data = d if not data else [
            x + y for x, y in itertools.izip_longest(
                expand(data, t), expand(d, -t))]
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