填补3d图像的孔

Question

我想使用形态学算子来填充3d图像的孔。 3d图像由116个相同大小（512 * 512像素）的2-D图像切片组成。我尝试在Matlab中使用imfill来获取3D图像，但结果并不是我想要的。填充小孔，不填充其他孔

当我尝试逐片使用imfill时，结果是正确的。有没有办法在3d图像中填充孔？我怎样才能做到这一点？

Answer 1

使用imfill切片的for循环有什么问题？你说这已经成功了。

或者，这是来自文件交换的选项：Region Growing - 用于具有多边形和二进制掩码输出的2D / 3D灰度图像的递归区域增长算法。

Answer 2

我最近写了https://github.com/seung-lab/fill_voids，它将迅速填补拓扑漏洞。

或者，有SciPy https://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/generated/scipy.ndimage.binary_fill_holes.html