使用预测类的可预测性的ROC曲线

Question

我需要使用两类问题的预测概率绘制ROC曲线。需要在概率中使用不同的截止值来生成ROC曲线。

我使用随机森林预测班级概率

mydata<-read.table(file="out-all-gm-pr-hpcuts-wor-noAl.tr", header=TRUE, sep ="")
mydata$class <- as.factor(mydata$class)
mydata.rf<-randomForest(class ~ ., data=mydata,  importance = TRUE, mtry = 3, ntree = 100, proximity = TRUE )

使用上面的森林预测测试数据

mytestdata<-read.table(file="gmsim-craboff.tes",header=TRUE)
testpred<-predict(mydata.rf,mytestdata,type='prob')

我现在有一个数据文件，现在具有真正的类标签和测试数据的预测概率。我需要在概率中使用不同的截止值（例如0.1，0.3，0.5，0.7，0.9）生成ROC曲线。怎么去呢？

Answer 1

我会做以下事情：

library(pROC)
roc(mytestdata$class, testpred, plot = TRUE)