GNU与两个参数并行

Question

我有一个C-shell脚本，其中包含一个名为$hosts_string的变量：

host1,host2,...,hostN

我还有一个名为$chrs_string的变量：

chr1,chr2,...,chrM

我还有一个名为$inputFn的变量，它指定了我需要处理的文本文件。

我想要做的是让每个主机在doStuff的每个成员上运行一个名为$chrs_string的命令，将$inputFn作为输入文件名参数。

我尝试了以下内容：

parallel -S $hosts_string 'doStuff {1} {2} > {1}' ::: {$chrs_string} ::: {$inputFn}

如果这样做，这应该创建文件chr1到chrM作为命令doStuff的输出，但我什么都没得到。并行完成而不发出错误，但没有输出。

如果我不使用parallel，命令本身就能正常工作，所以它不是命令，而是我如何指定parallel的参数。

为了证实这一点，我尝试了以下方法：

parallel -S $hosts_string 'echo {1} {2} > {1}' ::: {$chrs_string} ::: {$inputFn}

如果这个起作用，$inputFn是（例如）/foo/bar，那么我会得到（例如）一个名为chr1的文件，包含字符串：

chr1 /foo/bar

如何调整parallel命令，使其正确循环遍历$chrs_string和$inputFn的每个组合？

Answer 1

你很亲密。你刚忘了:::和::::

不一样

parallel -S $hosts_string 'echo {1} {2} > {1}' ::: {$chrs_string} :::: {$inputFn}

如果你只想要echo中的文件名，你只需：

parallel -S $hosts_string echo '{1}' {$inputFn} '> {1}' ::: {$chrs_string}