调试Perl分段错误

时间:2013-02-25 12:58:17

标签: perl debugging segmentation-fault

我正在使用AcePerl从wormbase.org数据库下载数据。 当我下载某些数据库对象时,我得到(在一定数量的对象之后)一个分段错误。此行为是可重现的。

我查看了核心转储,where打印了大量的函数调用:

#0  0xb763c0ac in ?? () from /lib/i386-linux-gnu/libc.so.6
#1  0xb763eddc in malloc () from /lib/i386-linux-gnu/libc.so.6
#2  0x080c07ca in Perl_safesysmalloc ()
#3  0x080f3a02 in Perl_sv_grow ()
#4  0x080ebe38 in Perl_sv_setsv_flags ()
#5  0x080ecb76 in Perl_newSVsv ()
#6  0x0811516f in Perl_save_item ()
#7  0x080c7dd8 in Perl_get_db_sub ()
#8  0x080e7a4c in Perl_pp_entersub ()
#9  0x08075570 in Perl_call_sv ()
#10 0x080edd25 in Perl_sv_clear ()
#11 0x080ee3eb in Perl_sv_free2 ()
#12 0x080d79ec in Perl_hv_free_ent ()
#13 0x080d7c8c in ?? ()
#14 0x080db6ff in Perl_hv_undef_flags ()
#15 0x080edf72 in Perl_sv_clear ()
#16 0x080ee3eb in Perl_sv_free2 ()
#17 0x080d79ec in Perl_hv_free_ent ()
#18 0x080d7c8c in ?? ()
#19 0x080db6ff in Perl_hv_undef_flags ()
#20 0x080edf72 in Perl_sv_clear ()
#21 0x080ee3eb in Perl_sv_free2 ()
#22 0x080d79ec in Perl_hv_free_ent ()
#23 0x080d7c8c in ?? ()
#24 0x080db6ff in Perl_hv_undef_flags ()
#25 0x080edf72 in Perl_sv_clear ()
#26 0x080ee3eb in Perl_sv_free2 ()
#27 0x080d79ec in Perl_hv_free_ent ()
#28 0x080d7c8c in ?? ()
#29 0x080db6ff in Perl_hv_undef_flags ()
#30 0x080edf72 in Perl_sv_clear ()
#31 0x080ee3eb in Perl_sv_free2 ()
#32 0x080d79ec in Perl_hv_free_ent ()
#33 0x080d7c8c in ?? ()
#34 0x080db6ff in Perl_hv_undef_flags ()
#35 0x080edf72 in Perl_sv_clear ()
#36 0x080ee3eb in Perl_sv_free2 ()
#37 0x080d79ec in Perl_hv_free_ent ()
#38 0x080d7c8c in ?? ()
#39 0x080db6ff in Perl_hv_undef_flags ()
#40 0x080edf72 in Perl_sv_clear ()
#41 0x080ee3eb in Perl_sv_free2 ()
#42 0x080d79ec in Perl_hv_free_ent ()
#43 0x080d7c8c in ?? ()
#44 0x080db6ff in Perl_hv_undef_flags ()
#45 0x080edf72 in Perl_sv_clear ()
#46 0x080ee3eb in Perl_sv_free2 ()
#47 0x080d79ec in Perl_hv_free_ent ()
#48 0x080d7c8c in ?? ()
#49 0x080db6ff in Perl_hv_undef_flags ()
#50 0x080edf72 in Perl_sv_clear ()
#51 0x080ee3eb in Perl_sv_free2 ()
#52 0x080d79ec in Perl_hv_free_ent ()
#53 0x080d7c8c in ?? ()
...

这些函数调用重复了数千次。 我也称perl -d:Trace myscript.pl > log,但日志文件大约为3 GB。

是否有更方便的方法来调试此脚本?

编辑: 我的剧本:http://paste.ubuntu.com/5564630/
我的架构文件:http://paste.ubuntu.com/5564631/。它确定要下载哪些数据 在大约2300 go_terms之后,seg错误被提升。

1 个答案:

答案 0 :(得分:7)

安装Devel::Trace

在启用跟踪的情况下运行perl脚本:

perl -d:Trace myscript.pl >trace 2>&1

关闭文件以查看执行哪些Perl行导致分段错误。