Question

我正在尝试使用bash脚本的问题。我有一个包含1000个文件的目录，我想使用每个文件顺序运行命令。但是，每个文件都与另一个文件配对，例如File1.sam，File1.gz，File2.sam，File2.gz等。我正在执行的命令要求我使用一对中的两个文件作为参数。当只需要一个参数时，我一直在使用类似于下面命令的东西，我想（错误地）我可以简单地像下面那样扩展它。

shopt -s nullglob
for myfile1 in *.sam && for myfile2 in *.gz 
do
./bwa samse -r "@RG\tID:$myfile1\tLB:$myfile1\tSM:$myfile1\tPL:ILLUMINA" lope_V1.2.fasta    $myfile1 $myfile2 > $myfile1.sam2 2>$myfile1.log
done

任何人都知道如何修改这个或指出我的另一种方式吗？

Answer 1

为什么不生成第二个文件名，例如用.gz替换.sam

for myfile1 in *.sam  ; do
  myfile2="${myfile1%.sam}.gz"
  [ -e "$myfile2" ] || continue
  ./bwa samse -r "@RG\tID:$myfile1\tLB:$myfile1\tSM:$myfile1\tPL:ILLUMINA" lope_V1.2.fasta "$myfile1" "$myfile2" > "$saiFile".sam 2>"$saiFile".log
done

Answer 2

仅对具有其中一个扩展名的文件（例如*.gz）进行迭代，并使用例如sed来获取匹配的.sam文件。

这样的事情：

for myfile1 in *.sam 
do
  sam_name=`echo $myfile | sed -e s#gz\\$#sam#`
  ./bwa samse -r "@RG\tID:$myfile1\tLB:$myfile1\tSM:$myfile1\tPL:ILLUMINA" lope_V1.2.fasta       $myfile1 $myfile2 > $saiFile.sam 2>$saiFile.log
done

Answer 3

shopt -s nullglob
for myfile1 in *.sam
do
  myfile2=$(echo $myfile1|sed s/.sam$/.gz/)
  ./bwa samse -r "@RG\tID:$myfile1\tLB:$myfile1\tSM:$myfile1\tPL:ILLUMINA" lope_V1.2.fasta $myfile1 $myfile2 > $saiFile.sam 2>$saiFile.log
done

Answer 4

使用其中一个文件扩展名更改for循环并计算其他文件名。例如：

for p in a b c; do touch $p.1 $p.2; done
for f in *.1; do g=${f%%.}.2; echo $f $g; done

显示：

a.1 a.2
b.1 b.2
c.1 c.2

bash脚本按顺序执行程序

4 个答案: