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Question

我需要打开一个R脚本并为其提供由单独的python脚本制定的输入。 subprocess模块似乎是一种很好的方法。

我遇到了一些令人费解的结果，即我可以通过p.stdin显然只写一次。以下是我到目前为止的情况：

from subprocess import Popen, PIPE, STDOUT

p = Popen(['r --no-save'],stdin=PIPE,stdout=PIPE,stderr=PIPE,shell=True)
p.stdin.write("source('myrscript.R')\n")
p.stdin.write('myfirstinput')

运行此代码时会发生的情况是stdin.write()的第一个实例按预期执行（并打开我的R脚本），但第二行什么都不做，子进程（实际上是R脚本）退出带有错误，表示子进程没有收到预期输入的输入，因此终止。

N.B。 - 在完美的世界中，我只是直接通过R进行交互，但是这个特殊的脚本需要复杂的输入，不能直接输入用于实际目的。此外，rpy / rpy2不是一个选项，因为此脚本的最终用户不一定有权访问该模块或其依赖项。 rscript也不是一种选择（出于多种原因，但主要是因为最终用户R配置的可变性）。

最后，p.communicate不是一个选项，因为显然会在写完后关闭进程，我需要保持打开状态。

提前致谢

Answer 1

您需要拨打.communicate()：

from subprocess import Popen, PIPE, STDOUT

p = Popen(
    ['r', '--nosave'],
    stdin=PIPE,
    stdout=PIPE,
    stderr=PIPE)
p.stdin.write("source('myrscript.R')\n")
p.stdin.write('myfirstinput\n')
p.stdin.write('q\n')

stdout, stderr = p.communicate()

print '---STDOUT---'
print stdout
print '---STDERR---'
print stderr
print '---'

讨论

我不使用shell=True，因为我的系统中没有R安装，所以它似乎与我的假R 脚本一起使用。您可能需要也可能不需要它。
我更喜欢将命令行分解为如图所示的字符串列表，但是r --nosave之类的单个字符串也可以正常工作;只是不要同时做这两件事。
不要忘记stdin.write()没有写新行字符\n，你必须自己提供。

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我的第一次尝试没有了，我希望第二次尝试越来越近了。正如J.F. Sebastian建议的那样，您可能想要使用pexpect：

import pexpect
import sys

if __name__ == '__main__':
    prompt = '> ' # Don't know what the R prompt looks like
    lines = ['one', 'two', 'three']

    r = pexpect.spawn('r --no-save', logfile=sys.stdout)
    for line in lines:
        r.expect(prompt)
        r.sendline(line)

    # If you want to interact with your script, use these two lines
    # Otherwise, comment them out
    r.logfile = None # Turn off logging to sys.stdout
    r.interact()

讨论

您可能需要安装pexpect。我是用pip install pexpect
如果您不想与系统交互，请注释掉最后两行，但请务必发送一些信号让R脚本退出。
spawn()会返回spawn个对象，请参阅文档here。

Python子进程 - 写多个stdin

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