Question

当我使用R并且我想找出函数的功能时，我经常输入函数的名称并滚动代码。但是，有时当我输入函数的名称时，我得到的回复并没有告诉我什么。

> library(limma)
> plotMDS #can't get to the code
function (x, ...) 
UseMethod("plotMDS")
<environment: namespace:limma>
> limma:::plotMDS
function (x, ...) 
UseMethod("plotMDS")
<environment: namespace:limma>
> heatmap #im expecting something more like this
function (x, Rowv = NULL, Colv = if (symm) "Rowv" else NULL, 
    distfun = dist, hclustfun = hclust, reorderfun = function(d, 
        w) reorder(d, w), add.expr, symm = FALSE, revC = identical(Colv, 
        "Rowv"), scale = c("row", "column", "none"), na.rm = TRUE, 
    margins = c(5, 5), ColSideColors, RowSideColors, cexRow = 0.2 + 
        1/log10(nr), cexCol = 0.2 + 1/log10(nc), labRow = NULL, 
    labCol = NULL, main = NULL, xlab = NULL, ylab = NULL, keep.dendro = FALSE, 
    verbose = getOption("verbose"), ...) 
{
    scale <- if (symm && missing(scale)) 
        "none"
    else match.arg(scale)
/* ... many lines removed ... */
    }
    invisible(list(rowInd = rowInd, colInd = colInd, Rowv = if (keep.dendro && 
        doRdend) ddr, Colv = if (keep.dendro && doCdend) ddc))
}
<bytecode: 0x16199b8>
<environment: namespace:stats>

因此，我想知道是否有办法将包的名称空间导入默认名称空间，这样我就可以查看函数中的代码（并更容易地调试）。我一直在阅读命名空间，但大部分时间都是为开发人员编写的，所以它正在谈论如何为包导出名称空间。

Answer 1

plotMDS是通用函数。您通过plotMDS和limma:::plotMDS访问的内容完全相同，后者效率较低。您想要了解的是此通用函数的方法。

查看plotMDS尝试

的方法列表

methods(plotMDS)

这将返回函数名称的向量。我无法安装 limma ，所以我们在基本plot通用[在我当前的会话中]看到的是：

> methods(plot)
 [1] plot.acf*            plot.correspondence* plot.data.frame*    
 [4] plot.decomposed.ts*  plot.default         plot.dendrogram*    
 [7] plot.density         plot.ecdf            plot.factor*        
[10] plot.formula*        plot.function        plot.hclust*        
[13] plot.histogram*      plot.HoltWinters*    plot.isoreg*        
[16] plot.lda*            plot.lm              plot.mca*           
[19] plot.medpolish*      plot.mlm             plot.ppr*           
[22] plot.prcomp*         plot.princomp*       plot.profile*       
[25] plot.profile.nls*    plot.ridgelm*        plot.spec           
[28] plot.stepfun         plot.stl*            plot.table*         
[31] plot.ts              plot.tskernel*       plot.TukeyHSD       

   Non-visible functions are asterisked

要访问非加星标功能的代码，我们只需输入完整的功能名称，例如

> plot.density
function (x, main = NULL, xlab = NULL, ylab = "Density", type = "l", 
    zero.line = TRUE, ...) 
{
....

要查看已加星标的函数/方法的代码，您需要pkg:::function结构，例如对于plot.data.frame方法

> plot.data.frame
Error: object 'plot.data.frame' not found
> graphics:::plot.data.frame
function (x, ...) 
{
 ....

如果您不知道方法属于哪个命名空间，请使用getAnywhere，例如

> getAnywhere(plot.data.frame)
A single object matching ‘plot.data.frame’ was found
It was found in the following places
  registered S3 method for plot from namespace graphics
  namespace:graphics
with value

function (x, ...) 
{
....

打印结果表明相关的命名空间（在本例中为graphics）加上返回函数的值或代码。

Answer 2

这是一个非常粗略的替代方案，但它可以满足要求：

首先，将命名空间的内容复制到全局环境中的列表中：

L <- as.list(asNamespace("yourpackage"))

现在，您可以导航L或将其所有内容复制到全球环境中具有相同名称的对象：

invisible(lapply(names(L), function(x) eval(parse(text=paste0(x,"<-L[['",x,"']]")), globalenv())))

警告：这将覆盖您使用相同名称定义的任何对象！所以要小心使用。

将包命名空间导入默认命名空间

2 个答案: