Question

我有一个包含24个TraMineR序列对象的列表。现在我想计算每个序列对象的最佳匹配距离（仅在每个对象内），并将其存储在一个新的列表中，现在由24个OM距离对象（距离矩阵）组成。

可以找到数据集here。

library(TraMineR)
sequences <- read.csv(file = "event-stream-20-l-m.csv", header = TRUE, nrows=10)
repo_names = colnames(sequences)

# 1. Loop across and define the 24 sequence objects & store them in sequence_objects
colpicks <- seq(10,240,by=10)
sequence_objects <- mapply(function(start,stop) seqdef(sequences[,start:stop]), colpicks-    9, colpicks)

# 2. Calculate the costs for OM distances within each object 
costs <- mapply(seqsubm(sequence_objects, method="TRATE"))

# 3. Calculate the OM distance objects for each sequence object
sequences.om <- seqdist(sequence_objects, method="OM", indel=1, sm=costs, with.missing=FALSE, norm="maxdist")

步骤（1）工作正常，但当我进入步骤（2）时，它告诉我：

Error in seqsubm(sequence_objects, method = "TRATE") : 
[!] data is NOT a sequence object, see seqdef function to create one

这很自然，因为sequence_objects不是序列对象，而是序列对象列表。

如何将seqsubm函数应用于序列对象列表？

Answer 1

我不熟悉TraMineR包，但看起来你试图迭代sequence_objects的元素。

mapply用于同时迭代多个对象相反，lapply用于迭代单个对象。

因此，以下内容可能对您有用：

 costs <- lapply(sequence_objects, seqsubm, method="TRATE")

循环遍历列表中的序列对象？

1 个答案: