根据两个文件之间的匹配创建一个新文件

Question

我有两个文件

第一个文件采用这种格式。每行以唯一ID开头（在本例中为P22465）

P22465    DB   DB; EC.31.1.1; the annexin (annexin) group.

第二个文件是这种格式。每行以（某些数字）@ENTREZGENE

开头

309@ENTREZGENE|ANXA6_HUMAN@SWISSPROT|P08133@SWISSPROT|ANXA6:ANXA6|67 kDa calelectrin

30@ENTREZGENE|THIK_HUMAN@SWISSPROT|P22465@SWISSPROT|ACAA1:ACAA1|EC 2.3.1.16

输出应为

30@ENTREZGENE|THIK_HUMAN@SWISSPROT|P22465@SWISSPROT|ACAA1:ACAA1|EC 2.3.1.16

它应与第二个文件中包含唯一ID（P22465）的行匹配，并将整行复制到新文件

Answer 1

使用bash：

fgrep -f <(awk '{print $1}' file1) file2

这使用流程替换（<(...)）。你也可以这样做：

awk '{print $1}' file1 | fgrep -f - file2

这告诉fgrep'从标准输入中读取要匹配的字符串'（-f -）。我没有证实这是有效的，但我希望它能这样做。

您可以使用grep -F代替fgrep（但Mac OS X有fgrep）。