熊猫将'NA'转换为NaN

时间:2013-05-16 19:48:25

标签: python pandas bioinformatics

我刚刚在生物学研究中选择了Pandas进行一些数据分析工作。结果我正在分析的一种蛋白质叫做'NA'。

我在列标题上有成对'HA,M1,M2,NA,NP ...'的矩阵,和“行标题”相同(对于可能读过这个的生物学家,我正在使用流感)。

当我直接从CSV文件将数据导入Pandas时,它会将“行标题”读为“HA,M1,M2 ......”,然后NA读取为NaN。有没有办法阻止这个?列标题很好 - 'HA,M1,M2,NA,NP等......'

2 个答案:

答案 0 :(得分:11)

以这种方式关闭NaN检测:pd.read_csv(filename, keep_default_na=False)

我最初建议使用na_filter=False来完成工作。但是,如果我理解下面杰夫的评论,这是一个更清洁的解决方案。

示例:

In [1]: pd.read_csv('test')
Out[1]:[4]: pd.read_csv('test', keep_default_na=False)
Out[4]:1   2
2   3

答案 1 :(得分:3)

刚遇到这个问题 - 我为该列指定了一个str转换器,所以我可以在其他地方保留na: pd.read_csv(... , converters={ "file name": str, "company name": str})