R - 如何绘制这样的ggplot2

Question

我的数据如下：

 Name     Odds_Ratio_(log2)     p-value

 Ann          -1.80494           0.05
 Lucy          2.51017           0.1  
 Sally        -1.97779           0.01  
 ...

我想制作看起来像图B或C的图。
在y轴上具有p值，在x轴上具有优势比（除以这样的垂直线）并且在绘制的符号旁边具有名称。我没有分数大小所以这里不可能改变符号大小。
我该怎么办？ 我真的希望有人会帮助我，因为我的R绘图知识让我只能这样做：

plot(data$V2,data$V3, main="Ratio", xlab="p-value",ylab="Odds ratio (Log2)") 

。

Answer 1

您应该参考?plot，?abline和?text。也就是说，这是基本功能的一种方法。

d <- data.frame(Name=LETTERS, Odds_Ratio_log2=runif(26, -8, 8), 
                p_value=runif(26))
plot(d$Odds_Ratio_log2, d$p_value, pch=20, xlim=c(-8, 8), ylim=c(0, 1),
     axes=F, xlab='', ylab='', yaxs='i')
abline(v=0, lwd=3)
axis(3, lwd=3, at=seq(-8, 8, 1), cex.axis=0.8, lwd.ticks=1)
mtext('Odds (Log2)', 3, line=2.5)
text(d$Odds_Ratio_log2, d$p_value, d$Name, pos=4, cex=0.7)

---

更新：

我已将yaxs='i'添加到上面的plot调用中，因为除非我们这样做，否则顶轴会略微高于y = 1，这可能会给人一种p值较低的印象。 / p>

请注意，图表不是“旋转”，本身。相反，我们用axes=F来抑制轴1和2（默认的x和y轴），而是绘制轴3（顶部轴;参见?axis）。然后我们使用mtext绘制轴3的标签。要在绘图的左边缘绘制标签，您可以使用ylab参数（我设置的等于{{1}在''函数中，或使用plot。

或者，如果您希望中心垂直线具有与y值对应的刻度线和标签，。然后，使用mtext('p-value', 2)添加刻度标记，使用segments添加刻度标签，例如：

text

最终结果将如下所示：

segments(-0.1, seq(0, 1, 0.1), 0, seq(0, 1, 0.1), lwd=2)
text(rep(0, 10), seq(0, 1, 0.1), seq(0, 1, 0.1), cex=0.7, pos=2)