Question

对于max之类的命令，默认情况下将na.rm选项设置为FALSE。我理解为什么这一般是一个好主意，但我想在一段时间内可逆转地关闭它 - 即在会议期间。

如果可以选择R，我怎么能要求R设置na.rm = TRUE？我找到了

options(na.action = na.omit)

但这不起作用。我知道我可以为我写的每一个函数设置一个na.rm=TRUE选项。

my.max <- function(x) {max(x, na.rm=TRUE)}

但这不是我要找的东西。我想知道是否有一些我可以在全球/普遍做的事情，而不是为每个功能做。

Answer 1

一种解决方法（危险），是执行以下操作：

列出以na.rm为参数的所有函数。在这里，我将搜索限制在基础包中。
获取每个函数并在其正文的开头添加此行：na.rm = TRUE
将功能分配回基础包。

首先，我将所有以na.rm作为参数的函数存储在列表中（ll）：

uses_arg <- function(x,arg) 
  is.function(fx <- get(x)) && 
  arg %in% names(formals(fx))
basevals <- ls(pos="package:base")      
na.rm.f <- basevals[sapply(basevals,uses_arg,'na.rm')]

编辑获取所有na.rm参数函数的更好方法（感谢mnel评论）

Funs <- Filter(is.function,sapply(ls(baseenv()),get,baseenv()))
na.rm.f <- names(Filter(function(x) any(names(formals(args(x)))%in% 'na.rm'),Funs))

所以na.rm.f列表如下：

 [1] "all"                     "any"                     "colMeans"                "colSums"                
 [5] "is.unsorted"             "max"                     "mean.default"            "min"                    
 [9] "pmax"                    "pmax.int"                "pmin"                    "pmin.int"               
[13] "prod"                    "range"                   "range.default"           "rowMeans"               
[17] "rowsum.data.frame"       "rowsum.default"          "rowSums"                 "sum"                    
[21] "Summary.data.frame"      "Summary.Date"            "Summary.difftime"        "Summary.factor"         
[25] "Summary.numeric_version" "Summary.ordered"         "Summary.POSIXct"         "Summary.POSIXlt"

然后，对于我更改正文的每个函数，代码的灵感来自data.table包（FAQ 2.23），它在rbind.data.frame和cbind.data.frame的开头添加一行。

ll <- lapply(na.rm.f,function(x)
  {
  tt <- get(x)
  ss = body(tt)
  if (class(ss)!="{") ss = as.call(c(as.name("{"), ss))
  if(length(ss) < 2) print(x)
  else{
    if (!length(grep("na.rm = TRUE",ss[[2]],fixed=TRUE))) {
      ss = ss[c(1,NA,2:length(ss))]
      ss[[2]] = parse(text="na.rm = TRUE")[[1]]
      body(tt)=ss
      (unlockBinding)(x,baseenv())
      assign(x,tt,envir=asNamespace("base"),inherits=FALSE)
      lockBinding(x,baseenv())
      }
    }
  })

否，如果你检查我们列表中每个函数的第一行：

unique(lapply(na.rm.f,function(x) body(get(x))[[2]]))
[[1]]
na.rm = TRUE

Answer 2

无法在全球范围内将na.rm更改为TRUE。（参见Hong Ooi在该问题下的评论。）

修改

不幸的是，你不想要的答案是唯一有效的答案通常。没有像这样的全球选择 na.action，只影响lm，glm等建模功能（甚至在那里，并不保证在所有情况下都能工作）。 - 洪 Ooi 2013年7月2日6:23

Answer 3

对于我的R包，我覆盖了现有函数mean和sum。感谢伟大的Ben（下面的评论），我将我的功能改为：

mean <- function(x, ..., na.rm = TRUE) {
  base::mean(x, ..., na.rm = na.rm)
}

在此之后，mean(c(2, NA, 3)) = 2.5代替NA。

对于sum：

sum <- function(x, ..., na.rm = TRUE) {
  base::sum(x, ..., na.rm = na.rm)
}

这将产生sum(c(2, NA, 3)) = 5而不是NA。

sum(c(2, NA, 3, NaN))也有效。

Answer 4

已经有一些关于全局更改na.rm参数的答案。我只想注意到partial()或purrr包中的pryr函数。使用此功能，您可以创建具有预定义参数的现有功能的副本：

library(purrr)
.mean <- partial(mean, na.rm = TRUE)

# Create sample vector
df <- c(1, 2, 3, 4, NA, 6, 7)

mean(df)
>[1] NA

.mean(df)
>[1] 3.833333

我们可以将此技巧与@agstudy答案结合起来，并使用na.rm = TRUE参数创建所有函数的副本：

library(purrr)

# Create a vector of function names https://stackoverflow.com/a/17423072/9300556
Funs <- Filter(is.function,sapply(ls(baseenv()),get,baseenv()))
na.rm.f <- names(Filter(function(x) any(names(formals(args(x)))%in% 'na.rm'),Funs))

# Create strings. Dot "." is optional
fs <- lapply(na.rm.f,
             function(x) paste0(".", x, "=partial(", x ,", na.rm = T)"))

eval(parse(text = fs))

因此，我们的.all中有.min，.max，.GlobalEnv等。您可以运行它们：

.min(df)
> [1] 1
.max(df)
> [1] 7
.all(df)
> [1] TRUE

要覆盖功能，只需删除点“”。从催促电话。受this blogpost

的启发

是否可以在全球范围内将na.rm设置为TRUE？

4 个答案: