Question

我有两个文件，文件1看起来像：

rs12126768  T   0.0252778071842686
rs908742    A   -0.0175531592475892
rs3107147   A   0.0253753063312283
rs3128309   A   0.0284902703996274
rs16824948  T   0.0696193418800571
rs2643888   A   0.0452601314048646
rs3795272   T   -0.0244976316004002
rs2840531   T   -0.0438473997802763
rs10910060  A   0.0364283566135514
rs1129332   T   -0.0274739770007551

文件2看起来像：

1   rs908742    0   2033256
1   rs3795272   0   2284195
1   rs2840531   0   2286408
1   rs1129332   0   2336210
1   rs7512269   0   2418625
1   rs2247308   0   2445406
1   rs1980789   0   2455863
1   rs3122922   0   2456203
1   rs4648453   0   3025712
1   rs6424069   0   3147030

如果文件1中的$ 1出现在文件2的$ 2中，我希望它打印该行。所以期望的输出是：

rs908742    A   -0.0175531592475892
rs3795272   T   -0.0244976316004002
rs2840531   T   -0.0438473997802763
rs1129332   T   -0.0274739770007551

提前感谢您的帮助。

Answer 1

试试这个单行：

awk 'NR==FNR{a[$2];next}$1 in a' file2 file1

Answer 2

我建议这样做的算法是简单散列。读取文件2，并记住file2的$ 2中的所有内容。然后，通读file1，如果file1中的$ 1在内存中，则打印该行。

这是一个执行技巧的perl脚本：

use strict;
open FILE2, "file2.txt";
my %remember;
while(<FILE2>) {
    chomp $_;
    my @fields = split;
    $remember{$fields[1]} = 1;
}
open FILE1, "file1.txt";
while(<FILE1>) {
    chomp $_;
    my @fields = split;
    if(defined $remember{$fields[0]}) {
            print "$_\n";
    }
}

如果文件1中的列A等于文件2中的列B，则打印行

2 个答案: