我使用包query()的函数seqinr从Genbank下载肌红蛋白DNA序列。 E.g：
query("myoglobins","K=myoglobin AND SP=Turdus merula")
不幸的是，对于我正在寻找的很多物种，我根本没有得到任何序列（或者对于这个物种，只有非常短的物种），即使我在网站上手动搜索时发现序列。这是因为仅在关键字中搜索“肌红蛋白”，而在那里通常没有任何条目。蛋白质类型通常只在名称中指定（Genbank上的“定义”） - 但我不知道如何搜索它。
query()上的帮助页面似乎没有在详细信息中提供任何选项，没有任何“K =”的“通用搜索”不起作用，我没有通过谷歌搜索找到任何内容。< / p>
我会对任何链接，解释和帮助感到高兴。谢谢！ ：）
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seqinr包有一个完整的手册，在第5章（http://seqinr.r-forge.r-project.org/seqinr_2_0-1.pdf中提供）中更深入地描述了查询语言。我试图做一个类似的查询，许多基因/ cds的描述是空白的，所以当使用k =选项搜索时它们不会出现。另一种方法是单独搜索有机体，然后匹配单个注释中的基因名称并提取入藏号，然后您可以使用这些数据重新查询数据库中的序列。
这将取出第一个基因的注释：
choosebank("emblTP")
query("ACexample", "sp=Turdus merula")
getName(ACexample$req[[1]])
annotations <- getAnnot(ACexample$req[[1]])
cat(annotations, sep = "\n")
我认为这是解决问题的一种非常耗时的方法，但似乎没有一种直接搜索注释的有效方法。我会对你提出的任何解决方案感兴趣。