从网站加载图片

Question

我正在尝试将一些化学结构图像添加到我创建的一些图中。我正在使用ACToR数据库访问化学结构。例如：

（http://actor.epa.gov/actor/image?format=png%3Aw250%2Ch250&casrn=80-05-7）

这个网站的好处是你可以改变网址中的大小和化学物质，这样我就可以自动抓取图像。我希望存储一个包含CAS编号的对象，然后遍历CAS编号来制作图表。

例如：

library(png)
casnums <- ("80-05-7","77-40-7","1478-61-1")
image.list <- list()
for(cas in casnums){
  image.list[[cas]] <- readPNG(paste0("http://actor.epa.gov/actor/image?format=png%3Aw1000%2Ch1000&casrn=",cas))
}

我尝试使用readPNG包中的png，并尝试使用rgdal包。不幸的是，据我所知，ACToR只会以png或jpeg格式生成图像 - 因此我无法使用grImport包来读取矢量图像。

我真的希望找到一个解决方案，我不必手动下载每个图像 - 其中有很多。我会接受一个解决方案，其中R将图像下载并下载到文件夹，然后我可以使用类似png包或rgdal包的内容来加载图像并绘制它们。

回应@ialm：以下是我在第一次评论后尝试的内容：

> download.file(url="http://actor.epa.gov/actor/image?format=png%3Aw250%2Ch250&casrn=80-05-7",destfile="test.png")
trying URL 'http://actor.epa.gov/actor/image?format=png%3Aw250%2Ch250&casrn=80-05-7'
Content type 'image/png' length 200 bytes
opened URL
downloaded 6691 bytes

Warning message:
In download.file(url = "http://actor.epa.gov/actor/image?format=png%3Aw250%2Ch250&casrn=80-05-7",  :
  downloaded length 6691 != reported length 200

当我打开图像时，它只有7 KB，我在图像查看器中收到以下消息：“Windows Photo Viewer无法打开此图片，因为该文件似乎已损坏，损坏或太大。“

我应该注意到我（违背我的意愿）使用Windows 7.我也尝试过使用RStudio和R. RStudio给了我警告信息，而R没有 - 但是R创建了看起来像是同一个文件（7KB）仍然没有打开。

回应@Greg Snow：为了添加一些上下文，我在RStudio的一个全新的R Console中运行了以下内容。我使用64位Rv3.0.1和64位RStudio v0.97.551。

> library(png)
> search()
 [1] ".GlobalEnv"        "package:png"       "tools:rstudio"     "package:stats"     "package:graphics"  "package:grDevices"
 [7] "package:utils"     "package:datasets"  "package:methods"   "Autoloads"         "package:base"     
> con <- url("http://actor.epa.gov/actor/image?format=png%3Aw1000%2Ch1000&casrn=1478-61-1",open='rb')
> rawpng <- readBin(con, what='raw', n=1e6)
> close(con)
> png1 <- readPNG(rawpng)
Error in readPNG(rawpng) : libpng error: bad adaptive filter value
> ls()
[1] "con"    "rawpng"

Answer 1

（只是将我的评论作为答案发布）

您可以使用download.file功能从网上下载文件。

此外，Windows用户可能必须更改某些参数。似乎mode="wb"是正确下载和查看这些png文件的必要参数。

所以，比如：

download.file("http://actor.epa.gov/actor/image?format=png%3Aw1000%2Ch1000&casr‌​‌​n=80-05-7", 
              destfile="tmp.png", mode="wb")

为我工作。

Answer 2

这是一种适用于单个图像的方法（它可以包装在循环中使用的函数中）：

con <- url("http://actor.epa.gov/actor/image?format=png%3Aw1000%2Ch1000&casrn=1478-61-1",
    open='rb')

rawpng <- readBin(con, what='raw', n=50000)

close(con)

png1 <- readPNG(rawpng)

我用它测试了它：

plot(1:10, type='n')
rasterImage( as.raster(png1), 3,3,8,8 )

获得50000需要一些猜测，而其他文件可能会有所不同（实际上我应该使用48849，但实际上它可能会在文件之间发生变化）。

Answer 3

请注意，Bioconductor R软件包EBImage能够直接从URL加载图像并将其可视化：

library(EBImage)

img = readImage("path/to/your/image/file or URL")
display(img, method = "raster")

干杯，

安杰伊