gigapixel图像的自描述文件格式？

Question

在医学成像中，似乎有两种方式存储巨大的千兆像素图像：

1. 使用大量JPEG图像（打包成文件或单独打印）并制作一些奇怪的索引格式来描述其中的内容。以某种其他格式处理一些元数据。

2. 使用TIFF的图块和多图像支持将图像干净地存储为单个文件，并提供缩放采样版本以实现缩放速度。然后滥用各种TIFF标签以非标准方式存储元数据。此外，存储具有重叠边界的图块，必须稍后单独翻译。

在这两种情况下，读者必须充分了解格式，以了解如何绘制内容和阅读元数据。

有没有更好的方法来存储这些图像？ TIFF（或BigTIFF）仍然是正确的格式吗？ XMP是否解决了元数据问题？

主要问题是：

• 以允许快速随机访问（平铺）的方式存储图像
• 存储下采样图像以进行快速缩放（金字塔）
• 处理图块重叠或稀疏的情况（扫描程序通常通过在2D中的幻灯片上移动相机并仅捕获有图像的位置的情况来工作）
• 存储重要的元数据，包括相关图片，如幻灯片的标签和缩略图
• 支持有损存储

人们用什么样的（希望是非专有的）格式存储大型航空照片或地图？这些图像具有相似的属性。

Answer 1

似乎从TIFF或BigTIFF开始，定义一个有用的标记子集+ XMP元数据可能是要走的路。 FITS并不好，因为它基本上是无损数据，并且没有非常合适的元数据机制。

TIFF的问题在于它只是允许太多的灵活性，但是TIFF的一部分应该是可以接受的。

解决方案很可能是http://ome-xml.org/和http://ome-xml.org/wiki/OmeTiff。

看起来DICOM现在有支持： ftp://medical.nema.org/MEDICAL/Dicom/Final/sup145_ft.pdf

Answer 2

您可能需要FITS。

• 任意大小
• 1--3维数据
• 广泛的标题
• 广泛用于天文学，并得到美国宇航局和IAU的认可

Answer 3

我是一名病理学家（和爱好者程序员），所以虚拟幻灯片和数字病理学是我的一大兴趣。您可能对OpenSlide project感兴趣。他们描述了大型供应商（Aperio，BioImagene等）的一些专有格式。大多数似乎包括金字塔缩放（当然是在不同的微观目标下扫描），包含多个平铺tiff或压缩（JPEG或JPEG2000）图像的大型tiff文件。

Answer 4

行业标准是DICOM Sup 145;让供应商采用它虽然一直很迟钝，但发明另一种格式可能没有帮助。

Answer 5

PNG可能适合您。它可以处理大图像，元数据，并且PNG格式可以有一些interlacing，因此您可以非常轻松地获得（下至？）n / 8 x n / 8下采样图像。

我不确定PNG是否可以进行快速随机访问。它是分块的，但这可能还不够。

您可以使用透明度渠道表示稀疏数据。

Answer 6

JPEG2000可能值得一看，国家图书馆在这个领域做了一些有趣的工作。