Question

我有一个文件，其中的值由制表符分隔。当一个值不存在时，我在相应的字段中加上一个“ - ”。

每一行都以标识符开头。我只是在搜索与给定标识符相对应的行，并在两台不同的机器（B和C）的机器A（Linux）上使用 grep ，并显示两个不同的结果。特别是从其中一台机器中，有些连续' - '缺失。这两台机器是linux ubuntu（B），另一台是MAC OSX（C）。这是一个例子：

输入文件：

comp10034_c0_seq1   281 -   UniRef90_B7GCX2 276 3e-29   640 98.220640569395 13.90625    Predicted_protein   Phaeodactylum_tricornutum   -   -   GO:0006200  ATP_catabolic_process   GO:0005524  ATP
 binding    GO:0016020  membrane    pfam00005   138-230 1.00e-09    -   -   -   93  -   0   0.136126    0   
comp10036_c0_seq1   315 -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   --  -   -   -   -   -   -   -   -   77  +   2   0.00277103  0   
comp10037_c0_seq1   350 -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   --  -   -   -   -   -   -   -   -   77  +   2   0.738719    0   
comp6261_c0_seq1    1227    -   UniRef90_K0R0D8 519 1e-82   186 42.2982885085575    98.9247311827957    Uncharacterized_protein Thalassiosira_ oceanica -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   --  350 +   1   0.0034993   0

GREP FROM MACHINE B

grep 'comp6261_c0_seq1' file.txt

结果：

comp6261_c0_seq1    1227    -   UniRef90_K0R0D8 519 1e-82   186 42.2982885085575    98.9247311827957    Uncharacterized_protein Thalassiosira_oceanica  -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   --  350 +   1   0.0034993   0

GREP FROM MACHINE C

grep 'comp6261_c0_seq1' file.txt

结果：

comp6261_c0_seq1    1227    -   UniRef90_K0R0D8 519 1e-82   186 42.2982885085575    98.9247311827957    Uncharacterized_protein Thalassiosira_oceanica  -   350 +   1   0.0034993   0

P.S。这里的论坛标签不可见，所以我选择用空格分隔的单词。

Answer 1

每台计算机上的输入文件都不同，或者输入文件包含在每台计算机上以不同方式解释的控制字符。在输入文件上运行diff和cat -v以发现哪个是真的。

Answer 2

如果文件相同，可能grep不是。检查您的grep是否是链接，别名或内置（shell函数）。尝试运行：

which grep
`which grep` 'comp6261_c0_seq1' file.txt

Grep正在以不同的方式从不同的计算机访问服务器

2 个答案: