不使用Internet安装Bioconductor

Question

我正在通过互联网进行通信的电台工作。是否可以安装R CMD INSTALL的Bioconductor？ Bioconductor网站上没有记录此类安装，我也没有找到有关此主题的任何信息。

Answer 1

另一个答案是given by Kasper Daniel Hansen on the BioC mailing list（另见the final code）。我们的想法是在具有Internet访问权限的计算机上安装BiocInstaller以下载磁盘上的软件包，然后在没有Internet访问权限的情况下以正确的顺序安装它们。

Answer 2

最简单的方法是在相同类型的机器上安装软件包（相同的R版本，架构（32/64位），操作系统），并将库复制到另一台机器上。请查看R's Add-on documentation以查看存储库的位置。

Answer 3

您可以在您的机构制作Bioconductor镜像：

http://www.bioconductor.org/about/mirrors/mirror-how-to/

Answer 4

我通过电子邮件向Bioconductor的人们发送了关于在没有互联网的情况下安装RBGL软件包的电子邮件，并得到了快速而有用的回复。所以我想我会分享：

  

使用此处描述的技术的修改版本：   Listing R Package Dependencies Without Installing Packages

     

您最终可以获得所需的所有包的列表   运行RBGL和图形（递归依赖）。结果证明是这样的   RGBL和图形本身加上一个额外的包，BiocGenerics。

     

您可以从其包裹着陆页下载这些包，例如   对于BiocGenerics：

     

http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/BiocGenerics.html

     

这假设您正在运行R 3.0.x并将使用Bioconductor   2.13。如果您使用的是其他版本的Bioconductor，请更改上述网址中的“发布”以匹配其版本号。

     

从本页的“软件包下载”部分，安装   适当的包版本。为图和RBGL和。做这个   好吧，将这三个文件复制到目标机器并运行（在   此命令）R CMD INSTALL BiocGenerics_ * R CMD INSTALL graph_ * R CMD   安装RBGL _ *

     

然后你应该被设置。

     

另一件需要考虑的事情是在里面装一个Bioconductor镜子   你机构的防火墙（你需要托管一个CRAN镜像   好）。这是安装几个包的很多工作，   虽然。

其中一些特定于RBGL软件包，但这里有足够的信息对于任何试图安装Bioconductor软件包的人来说通常都很有用。