R-Heatmap.2禁用列树形图后，删除标题和实际热图之间留下的巨大空间

Question

我正在使用heatmap.2（）

绘制759 * 12双矩阵twoway.expr.005

library(gplots)
dist2 <- function(x, ...){as.dist(1-cor(t(x), method="pearson"))}
heatmap.2(x=twoway.expr.005,col=bluered(75), main="Heatmap:759 genes\nTwosided Pval<0.05",tracecol= NULL, cexCol=0.8,cexRow=0.5,labCol=labs,distfun=dist2,scale="row",key=F,dendrogram='row',Colv=F)

但是因为我设置dendrogram='row'（列树形图关闭）和key=F，当我尝试将其保存为时，我的热图在绘图标题和实际绘图之间留下了一个巨大的空白PDF。

我尝试按照建议设置lhei。我使用过lhei = c（1,4），但它仍然显示标题和情节之间有很多空格：

heatmap.2(x=twoway.expr.005,col=bluered(75), main="Heatmap:759 genes\nTwosided Pval<0.05",tracecol= NULL, cexCol=0.8,cexRow=0.5,labCol=labs,distfun=dist2,scale="row",key=F,dendrogram='row',Colv=F,lhei=c(1,4))

设置lhei = c（1,5）完全抛弃标题：

heatmap.2(x=twoway.expr.005,col=bluered(75), main="Heatmap:759 genes\nTwosided Pval<0.05",tracecol= NULL, cexCol=0.8,cexRow=0.5,labCol=labs,distfun=dist2,scale="row",key=F,dendrogram='row',Colv=F,lhei=c(1,5))

我认为Heatmap.2的设计方式使得标题始终位于列树形图上方。因此，如果列树形图被禁用，它会留下一个空的空间，但标题的位置仍然高于＆＃34;禁用＆＃34;列树状图。有没有办法破解代码，以便标题不位于列树形图上方（可能是这个问题的解决方案）？还有什么办法可以消除标题和标题之间的空间。实际情节？

Answer 1

heatmap.2的lhei参数可以用来解决这个问题。它采用长度为2的向量，表示绘图布局行的相对高度。

Heatmap.2使用布局功能将绘图区域划分为四个块。基本上，您希望控制第一个相对于第二个的高度。为此，请将lhei设置为类似c（1,10）的内容。这将使底部行（热图所在的位置）的高度是顶行的10倍，顶行通常具有行和颜色键的树形图。

布局文档有更多详细信息。

Answer 2

您可以使用title而不是在heatmap.2中设置main。

title("Your title", line= -2)。

您可以通过更改线条的值来调整距离。 从左到右居中没有任何帮助，如果没有两个树状图，它仍然是关闭的，但你会更接近。