Question

我有这个方程式用于在python中反向补充DNA：

def complement(s): 
    basecomplement = {'A': 'T', 'C': 'G', 'G': 'C', 'T': 'A'} 
    letters = list(s) 
    letters = [basecomplement[base] for base in letters] 
    return ''.join(letters)
def revcom(s):
    complement(s[::-1])
print("ACGTAAA")
print(complement("ACGTAAA"[::-1]))
print(revcom("ACGTAAA"))

但行：

print(complement("ACGTAAA"[::-1]))
print(revcom("ACGTAAA"))

彼此不相等。只有顶线给出答案。底部只打印“无”

任何帮助为什么会这样？

Answer 1

您忘记了return中的revcom声明。试试这个：

def revcom(s):
    return complement(s[::-1])

如果没有从Python中的函数显式返回值，则函数返回None。

Answer 2

用于反转DNA序列互补的漂亮衬里：

revcompl = lambda x: ''.join([{'A':'T','C':'G','G':'C','T':'A'}[B] for B in x][::-1])
print revcompl("AGTCAGCAT")

Answer 3

Python3，包括核苷酸的整个IUPAC字母表：

def revcomp(seq):
    return seq.translate(str.maketrans('ACGTacgtRYMKrymkVBHDvbhd', 'TGCAtgcaYRKMyrkmBVDHbvdh'))[::-1]

在Python2中：

from string import maketrans

def revcomp(seq):
    return seq.translate(maketrans('ACGTacgtRYMKrymkVBHDvbhd', 'TGCAtgcaYRKMyrkmBVDHbvdh'))[::-1]

Answer 4

您需要return来自revcom()的结果。

Answer 5

`a = "AAAACCCGGT"
a= a[::-1]
print("reverse: "+a)
a = a.replace('A','a')
a = a.replace('T','A')
a = a.replace('a','T')
a = a.replace('C','c')
a = a.replace('G','C')
a = a.replace('c','G')
print("complement : "+a)`

反向补体DNA

5 个答案: