我做了什么（交换发生在主人身上）

我最初是通过

写的

让每个链变异指定的迭代次数n。
在每第n次迭代中，我都会发送奴隶＆＃39;结果给主人，并尝试在链之间交换参数。
然后将更新的值发送回从属设备并重复此过程。

我想要实现的目标（在奴隶之间直接交换）

这工作正常，但我想清理我的代码并删除主服务器和从服务器之间不必要的通信。也就是说，让奴隶直接在他们之间进行交流。

假设我正在产生10个奴隶，

在迭代n，我想让slave1-slave2，slave3-slave4，....，slave9-slave10在它们之间进行通信
在迭代2 * n，我想让slave2-slave3，slave4-slave5，... slave8-slave9在它们之间进行通信

依此类推，让我让样品穿过温度梯。

问题

这就是我遇到问题的地方我想我正在设法从一个奴隶发送一个值到另一个（我的打印声明＆＃34;成功发送＆＃34;被打印在发送的奴隶的日志文件中）但这似乎不是收到（我的＆＃34;成功收到＆＃34;声明不会打印在伙伴奴隶的日志中）。

程序刚刚挂起。我想也许我已经造成了僵局，但我不确定我做错了什么？

你能告诉我吗？我用这个Parallel Tempering R代码作为指导 http://www.lindonslog.com/mathematics/parallel-tempering-r-rmpi/

请参阅下面的代码

非常感谢！

索菲亚

ind <- mpi.comm.rank()
oddFlag<-0   ### object to flag code suitable for odd/even numbered slaves.

for  (i in  1:TotalIter)  {
##### normal MCMC move (single chain mutation) -  logL.current

 if ( i%%exchangeInterval == 0 ){   ### every nth (right now 5th) iteration, attempt an exchange  

message("\n\nAttempt an exchange move")
oddFlag<-oddFlag+1     
exchange<-0
logL.partner<-0

  if (ind%%2 == oddFlag%%2) {  ###when oddFlag even , the following code concerns even-numbered slaves. When odd number, it concerns odd-numbered slaves.                                                  
  ind.partner<-ind+1

  if (0<ind.partner && ind.partner<(noChains+1)){
    message("This is the slave: ", ind, " and its partner is: ", ind.partner)
    message("The tag for receiving logL.partner is: ", ind.partner)          
    logL.partner<-mpi.recv.Robj(source=ind.partner,tag=ind.partner)  #### receive the logL of partner                    
    message("Succesfully received")
    message("This is the logL.partner: ", logL.partner)
    exchanges.attempted<-exchanges.attempted+1

    if (runif(1)< min(1, exp((logL.partner - estimatorSelf)*(temper[ind] - temper[ind.partner] )))) {    ############# exp((chain2 - chain1)*(T1 - T2))                                          
      message("I exchanged the values")
      exchange<-1
      print(exchange)
      exchanges.accepted<-exchanges.accepted+1
    }
    mpi.send.Robj(obj=exchange,dest=ind.partner,tag=15*ind)
  }

  if (exchange==1){
### exchange parameters  with mpi.send.Robj/mpi.recv.Robj functions
  }

} else {  ##### ###when oddFlag even , the following code concerns odd-numbered slaves. For oddFlag odd, it concerns even-numbered slaves.                              
  ind.partner<-ind-1

  if (0<ind.partner && ind.partner<(noChains+1)){
    message("This is the slave: ", ind, " and its partner is: ", ind.partner)
    message("The tag for sending logL.current is: ", ind)
    mpi.send.Robj(obj=logL.current,dest=ind.partner,tag=ind)  ### send logL to partner
    message("Succesfully sent")

    exchange<-mpi.recv.Robj(source=ind.partner, tag=15*ind.partner)
    message("I received the exchange message")
  }

  if (exchange==1){
 ### exchange parameters send/receive functions
   }
  }
 }
}

Answer 1

这似乎很奇怪。据我所知，发送和接收命令是锁定的，所以发送工作没有接收工作打击我有点奇怪。你试过指南上的代码了吗？如果您愿意，我可以向您发送整个R代码，以查看它是否适用于您的系统。如果指南上的代码有效，那么您可以放心地说它不是MPI设置的问题。

您可能尝试的一件事是使用receive命令而不是使用ind.partner，您可以使用mpi.any.source（）（我认为是正确的），它将接受任何标记的消息。如果这可以解决你的僵局，那么标签可能会出现问题（但是通过眼睛看来我似乎没有任何问题）。

您可能尝试的另一件事是删除接收命令中的“source =”和“tag =”。我在我的代码中注意到，当我执行send命令时，我没有任何内容。也许这让我有太多问题，但我不记得了。让我知道它是怎么回事，我希望一切顺利。

Rmpi发送/接收挂？

我做了什么（交换发生在主人身上）

我想要实现的目标（在奴隶之间直接交换）

问题

1 个答案: