将std :: vector转换为Rcpp矩阵

时间:2013-11-08 16:42:12

标签: r rcpp

这是与Rcpp转换相关的问题。我正在寻找将长std :: vector转换为Rcpp矩阵对象,但想知道是否有简单的转换格式。当然,你可以遍历每个元素并填充一个空的Rcpp矩阵,但这似乎容易出错,如果可以采用更方便的方法,则可能是不必要的。

我问的原因是我想在一些现有的C ++代码中使用OpenMP,但是直接在OpenMP循环中将元素存储在Rcpp矩阵对象中似乎效果不好(而加载std :: vector对象并在OpenMP循环完成后转换为矩阵似乎是一个很好的解决问题的方法)。

非常感谢任何帮助!

2 个答案:

答案 0 :(得分:19)

扩展Dirk的答案; R矩阵实际上只是具有dim属性集

的向量
> x <- 1
> y <- as.matrix(x)
> .Internal( inspect(x) )
@7f81a6c80568 14 REALSXP g0c1 [MARK,NAM(2)] (len=1, tl=0) 1 ## data
> .Internal( inspect(y) )
@7f81a3ea86c8 14 REALSXP g0c1 [NAM(2),ATT] (len=1, tl=0) 1 ## data
ATTRIB:
  @7f81a3e68e08 02 LISTSXP g0c0 [] 
    TAG: @7f81a30013f8 01 SYMSXP g1c0 [MARK,LCK,gp=0x4000] "dim" (has value) 
    @7f81a3ea8668 13 INTSXP g0c1 [NAM(2)] (len=2, tl=0) 1,1

请注意xy的'数据'组件只是REALSXP s,但矩阵上有这个额外的dim组件。使用此功能,我们可以轻松地将NumericVector转换为Rcpp中的矩阵。

(注意:在下面的示例中,我在属性中使用SEXP,因此类型之间的转换是显式的):

#include <Rcpp.h>
using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
SEXP vec_to_mat(SEXP x_) {
  std::vector<double> x = as< std::vector<double> >(x_);
  /* ... do something with x ... */
  NumericVector output = wrap(x);
  output.attr("dim") = Dimension(x.size(), 1);
  return output;
}

/*** R
m <- c(1, 2, 3)
vec_to_mat(m)
*/

给了我

> m <- c(1, 2, 3)

> vec_to_mat(m)
     [,1]
[1,]    1
[2,]    2
[3,]    3

因此,您可以使用Dimension类并将其分配给向量的dim属性,以便在Rcpp中“手动”制作矩阵。

答案 1 :(得分:11)

你选择了一个好方法。在OpenMP上下文中,您必须远离单线程R.所以std::vector很好。

是的,我们有std::vectorRcpp::NumericVectorRcpp::NumericMatrix的构造函数(毕竟它只是一个带维度属性的向量)以及Rcoo:Integer*变体,以及通常的as<>wrap转换器。

Rcpp单元测试,Rcpp示例以及Rcpp Gallery站点上应该有大量示例。

编辑:这是一个非常简单的例子:

 R> cppFunction('NumericVector phil(int n) { std::vector<double> x(n);
 +              return wrap(x); }') 
 R> phil(4)  
 [1] 0 0 0 0    
 R>