Scipy linkage（）函数返回不一致的结果

Question

我有一个C＃程序进行一些分析，打印出一个完整的2D距离值矩阵，然后启动一个scipy python进程（anaconda，fwiw）来进行分层聚类。这是问题所在：我需要对它们施加某种排序，以便它们沿每个轴排序。我的代码或多或少看起来像这样：

var set = set.OrderBy(x => x.GetHashCode());

foreach(Point p1 in set)
{
  foreach(Point p2 in set)
  {
    double distance = Distance(p1,p2);
    //save out the distance so that it can be written to a 2d matrix
  }
}

//write out the 2d matrix...

//call python...

这就是诀窍：当我改变排序方案时 - 可能按大小排序，甚至是随机数生成器 - python为同一个截止值计算不同数量的簇。我知道距离值是相同的 - 我将它们按大小排序打印到单个字符串并计算该字符串上的md5哈希值，并且哈希值始终相同。我知道scipy中的linkage（）函数不喜欢2d矩阵（我读过的一些错误），但是一旦读入2d矩阵，我将其转换为带方形（distMatrix）的压缩矩阵，如下所示：{ {3}}

无论如何，有什么想法吗？我真的很难相信scipy有这个bug，但我的选择已经用完了......

谢谢！ -denny -