python 2.7用大行读取文件

Question

我有一个fasta文件，我想只打印序列

f = open ("NC_007970.fas",'r')
for line in f:
    print line

它只打印第一行> NC_007970

我认为问题来自fasta文件本身，它由第一行'＆gt;'组成，第二行是序列，序列本身没有新行，其长度约为19000字符

> NC_007970
GTTATTGTAGCTTACACTAAAGCATGGCACTGAAGTTGCCAAGATGGGTAATCAAAATACCCCAAAAACACAAAGATTTGGTCCTAACCTTACTGTTACTTTTTGCTAAAATTACACATGCAAGTATCAGCATACCAGTGAAAACACCCTAGCAATCCTATTAGACAAAGGAGCCGGTATCAGGCACACCATGATAGCCCAAGACACCTAGCTTTGCCACACCCCCAAGGGCATTCAGCAGTGATAAAAATTAAGCAATAAGCGCAAGCTCGACTTAATTATAGCAAACATAGAGCTGGCCAATCTCGTGCCAGCCGCCGCGGTTATACAAGAAGCCCAAACTAACAGACAACCGGCGTAAAATGTGGCTAAAAATTTATCTACAAAATTAAGGCGAACCTACAACTTAACTGTTATACGCAAGTACACATTAATACATTATGAAAATAACCTTAACACAATAGAACTATTTGAACCCACTATCGCTAAGGCACAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTCAGCCCTAAACTTAGATATTTACTTACAATAATATCCGCCAGAGAACTACGAGCCCAAACGCTTAAAACTCTAAAGACTTGGCGGTACCTCAACCTCCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAATCCACGATCTACCTCACCATCCCTTGTCAATTCAGCCTATATACCACCGTCATTAGCTTACCCTGTGAAGGGTACCAAGTAAGCAAAATAACCTAAACAACTAGCAAGTCAGGTCAAGGTGTAGCTAACTGAGATGGAAGAAATGGGCTACATTTTCTTTATTAGAAATCACTTAACAGAAAGGACCATGAAATAAGTCCCATAAGTAGGATTTAGCAGTAAACTGGGAACAGAGAGCCCAATTTAAGTCGGTCCTGAGGTGCGCACACACCGCCCGTCACCCTCCTCAAATAATCCTTAAGCATAGATAAACCACAACAAACAAATAGATGAGGCAAGTCGTAACAAGGTAAGTGTACCGGAAGGTGTACTTGGAACATCAAAATATAGCTTATCAAAAGCACTCAGCTTACACCTGAAAGTTGTCCATTAAAATCGGATTATTTTGAGCAACTACCTAGCCCAACTAATAAATATAAAACCCAACAAACAAATTATCCTACCAATAAATCAACTAAAACATTTTACCATCATAGTATAGGAGATAGAAAAGATAATTGGAGCTATAAAGACAGTACCGCGAGGGAAAGATGAAAAACATGAAACACTCACCAAGCCAGAAAAAGCAAAGATTAACTCTTGTACCTTTTGCATCATGATTTAGCCAGTACATCCAAGCAAAGAGAACTAAAGTCTGAACTCCCGAAACCAAATGAGCTACTTAAAGGTAGCCTATACCACCATGGGCTAAATCCGTCTCTGTGGCAAAAGAGTGGAGAAACCTTTAAGTAGAGGTGAAAAGCCTAACGAACCTGGTGATAGCTGGTTGCTCAACAAAAGAATATCAGTTCAACCTTAAACCTCCTAACCTAACAACTTTGAAGTAATAGAAGAGAAGTTTAAGATATATTCAACAGGGGTACAGCCCTGTTGAAAAAGGGTACAACCTAAAATGCAGGACAAAACATCAAAGCAAGACCACAGTAGGCCTTAAAGCAGCCATCTCCAAAGAAAGCGTCAAAGCTCACTACAATTAATATCAACACAATTTTTTTCCCCTAAACAACATTGAGCTATTCTATCACCATAGAAGAACTAATGCTAAAATGAGTAACAAGAAGACGAAACTTCTCTTCCGCGCCAACTTAAATCATAATAGATAAACTACTGATTATTACAACCAATATTATAAGATCAACAGTACTTAATACACCATATAAACCCAACTGTTAACCCAACACAGGAGCGCACACAAGAAAGATTAAAATTTGTAAAAGGAACTAGGCAAACATTGAGCTCGACTGTTTACCAAAAACATAGCCCCTAGCAACAATAAGTATTAGGGGTAATGCCTGCCCAGTGACACTGTTCAACGGCCGCGGTATCCTAACCGTGCAAAGGTAGCGTAATCACTTGTCTTTTAAATAAGGACTAGAATGAACGGCTAAACGAGGTTCTACCTGTCTCTTACAAATAATCAGTGAAATTGGTCTTCCAGTGCAAAACCTGGAATAAAAATATAAGACGAGAAGACCCTGTGGAACTTTAAATACAAATCAATCTATTATTCATACCCACCCACGATGGTTTATCACCAATTAGCACATTGATCCATATTTTCGGTTGGGATGACCTCAGAGTAAAATTAAACCTCTGAACAAAGAACACACCTCCAAACCTAGACCCACCATTCAAAGTGCTTACAGCAAAATGATCCAATACACTTGATCAACGAACCAAGCTACCCCAGGGATAACAGCGCAATCCTATCCTAGAGTCCCTATCGACGATAGGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACATCCTAATGGTGTAACCGCTATCAAGGGTTCGTTTGTTCAACGATTAATAGTCCTACGTGATCTGAGTTCAGACCGGAGTAATCCAGGTCGGTTTCTATCTATAAATGGGCTTTTTCTAGTACGAAAGGACCGAAAAGACAAGGCCTATTTTTAAAAACAAGCCTTACCTTATATTAGTGAAAGCAACTTAACTAATAATAAGGACAAACCATTTAACCCTAAAAAGGGGTTATTGAGGTGGCAGAGCCTGGTACAAAAGGCCTAAGCCCTTTACTCAGGGGTTCAAATCCCCTCCCCAATAATGAAAGCCCTATTATCAAACCTAATATCCCCACTTATATATATAATCCCAGTCTTAATTGCTGTAGCTTTCTTTACCTTAATTGAACGGAAAACTTTGGGATACATACAACTCCGAAAAGGCCCAAACATCGTAGGACCATGTGGACTTTTACAACCTGTAGCTGATGGTGTAAAACTATTTATTAAGGAACCAGTGTACCCATCAAACTCATCAACTATACTATTTACACTATCACCAATCCTAGCTCTACTACTATCTTTATCAGTCTGACTTCCACTGCCTCTACCATTTCCACTAGCCGACTTAAACCTAGGCCTCCTATTCCTAATTTCAATATCCAGCTTCATAGTTTACTCCATCTTATGATCTGGCTGAGCTTCAAACTCCAAGTACGCCTTAGTAGGGGCACTCCGGGCAGTAGCCCAAACTATCTCATACGAAGTAACCCTAGGAATCATCCTACTCTCCCTAATCCTATTCTCAGGCGGATTCAACATACAAACATTTATAACAACGCAGGAACCTGCGTACCTGATATTCTCATCCTGACCTTTAATAATAATATGGTATATCTCCACATTAGCAGAAACAAATCGAGCACCATTCGACCTTTCCGAAGGAGAATCTGAACTCGTATCAGGGTTTAACGTTGAATACGCCGCCGGCCCATTCGCCCTATTCTTCCTAGCAGAGTACGCTAATATTCTGATAATAAACACCCTCACCACTATCCTATTCCTGAATCCATCCCATATTAACAACACCCCCGAACTATTTTCATTATCATTAGTATCAAAAATAATACTACTCTCAGTAGGATTCCTATGAATCCGCGCCTCATACCCGCGATTCCGATATGACCAGTTAATACACTTATTATGAAAAAACTTCCTCCCTATTACCTTAGCAATGTGCCTCTGACATATATCTATGCCAACTGCCTTCTCGGGGCTACCACCGATGTTATAGGATACGTGCCTGAAATTAAAGGATCACCTTGATAAGGTGAATCATAGAGGCTAAACCCTCTCGTCTCCCTAAAAGAAAGCACCTTTACCTATAAATAACAAAATCCTATACCTGTATATTACTGTACTGAATTCATAAATTACACTACACACAATATTATCTAACCACAAATTAACACTCCATAAACCACTACATTAAAAATACAATATAGTACTATAACAGCATAACCCTTTATAAAATACCCTACAACCCATTTATAACATATATTATGAAATAAACTACCCCTTATTAAAATTACTAACAACTTCTCATAACAAACTACACAAAATCAAGCCAATATATCTTAATTTCTCGACTACAAACAATTTACCAACGTATTATCCCGTTACTTCCATAAATACACAATCCTTTTACCTAACAAACAAATTAAAACCAATTACCCTAACAGCAAAAAACACCAATATTCATCAAAAACCCCAACATATCTGAAAAATAAACTCCCTATTGTACTATTATAGGACCTAAAATACCCAAAACCCCTTTAGGTCAATATAGTTTAAAACAAACATTAGACTGTGATTCTAAAAATAGGAGTGTAAATCCCCTTATAGACCAAGAGAGATCCAACAGTAAGAACTGCTAATTCTTATACCTGAGACTAACACCTCAGCTCCCTTACTTTTAAAGGATAGAAGTAATCCACTGGTTTTAGGAACCATAAACCCTTGGTGCAACTCCAAGTAAAAGAACATGCCAACACCCCCACTGTTAGCCTTAACACATTTTATGACCCTAGCTATCCTGCTAGTTCCACTAGTAATCTCTATACTCACTACAAAAGTGTGAATTATTGAAAAGACAAAAACATCCGTGAAAACAGCGTTTTTTACCTCCATACTATCATTTCTCCTCTTTAAAGCTGAGTCCACCCCTTTCATAGTAATAGACTATAACCTATTAAGCACATCAACCTTCTATGTAAAGCTTAACTTTAAATTTGACCTATACTCCATACTATTTACACCAGTTGCCTTATACGTCTCATGATGTATTTTAGAGTTTTCACAATGATACATAGACAAAGACCCCTATCCCTCAAAATTCGCCAAATACCTACTAACCTTCATTATAGCTATAATAATCCTAGTATCAGCTAATAACCTACTCCTATTTTTTATTGGTTGGGAGGGGGTAGGAATCCTATCCTTCCTCCTAATCGCATGATGGCGAAACCGACCAAACACGAATACATCAGCC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如何从这样的文件中获取序列？

Answer 1

AWRAM，我建议您查看BioPython包吗？

我将用来做你想做的具体代码如下：

from Bio import SeqIO

file = open('NC_007970.fas', r)
for record in SeqIO.parse(file, "clustal") :
    print record.seq
file.close()

BioPython将每个FASTA文件解析为SeqRecord对象的迭代器，您可以从中查询每个SeqRecord的序列，并使用它来操纵其他事物。