我目前正在开发一个程序（生物信息学项目），该项目涉及读取多个文件，包括矩阵，并将结果输出到另一个文件。我最麻烦的是如何像坐标系一样阅读矩阵文件（缺少更好的术语）？有没有使用2D数组的简单方法？例如，如果我有以下氨基酸：
fileA：CTTNCLAPLA fileB：CTTNSITPVA
然后程序将读取这两个文件，比较每个字母，并参考矩阵以找到与这两个字母对应的数字，这反过来又决定了fileA中字母变异为fileB中字母的概率。 / p>
由于每个文件中的第一个字母是C，程序将读取矩阵并输出到单独的文件中：
C T T N C L A P L A
| | | | . : : | : |
C T T N S I T P V A
“。”表示根据矩阵的数字是0而不是相同的字母，“|”表示该字母相同，而“：”表示该数字大于零但不是相同的字母。
这是矩阵的一部分（其余部分不适合）： 注意：我必须使用的矩阵在.csv文件中，并且不包含空格。
_, A, R, N, D, C
A, 2,-2, 0, 0,-2
R,-2, 6, 0,-1,-2
N, 0, 0, 2, 2,-4
D, 0,-1, 2, 4,-5
C,-2,-4,-4,-5,12
如果我的解释令人困惑，我道歉。如果您需要任何澄清，请告诉我。任何帮助是极大的赞赏。提前谢谢！
答案 0 :(得分：1)
为避免二维数组，可以使用带线性索引的一维数组，并实现方便辅助函数将二维坐标转换为线性数组索引 - 如Linear indexing in symmetric matrices
答案 1 :(得分：0)
我只想创建一个类/结构，然后创建一个对象数组。这应该可以消除您对2D阵列的需求。