Question

我有数百个包含与此类似的行的文件：

>34764998   Halalkalicoccus_jeotgali_B3   -132.6938   Halalkalicoccus   0.528  Halobacteriaceae  0.638 Halobacteriales   0.648 Halobacteria   0.706 Euryarchaeota  0.850

我有兴趣计算第5列中小于0.1，... 0.95的项目数。我编写了一个bash脚本，调用AWK命令来查看列值，然后将其传递给wc -l（见下文）。但是，我没有正确安排我的$，'和括号。谁能告诉我我做错了什么？这可能不是最有效的方式，所以我欢迎建议，但我确实想知道我在列出的代码中做错了什么。

for fileName in 4440319.3_genus.txt 4440372.3_genus.txt 4440373.3_genus.txt 4440378.3_genus.txt 4440379.3_genus.txt 4440380.3_genus.txt 4440381.3_genus.txt
do
   echo $fileName
   for number in 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8 0.9 0.95
   do  
      #NUM={awk '$5 < '$number' {print $5}' $filename | wc -l}
      NUM={awk '$5 < $number {print $5}' $filename | wc -l} 
      #NUM=${awk '$5 < '$number' {print $5}' $filename | wc -l}
      #NUM=${awk '$5 < $number {print $5}' $filename | wc -l}
      echo $NUM
   done
done
exit 0

所有变体都会产生无效的选项错误，具体取决于未注释的行。

非常感谢。

Answer 1

你不需要wc -l管道，即使不需要文件名的for循环，试试这个：

awk -v n=0.95 '$5<n{a++}END{print a}' *_genus.txt

Answer 2

假设您正在使用sh或bash，这就是我要做的事情：

NUM=`awk -v x=$number '$5 < x {print $5}' $fileName | wc -l`

解释为什么这样做并且您的尝试不起作用的一些解释：

您需要执行管道并将其输出存储在变量NUM中。这就是为什么你需要管道周围的反引号。
您的$number是一个shell变量。 Shell变量扩展不会在单引号内发生，因此$number脚本中的awk无法替换为您想要的数字。要解决这个问题，你可以使用双引号将数字嵌入到正确的位置（由于awk脚本中你不希望进行shell扩展的其他美元符号，这会造成一些麻烦），或者您可以使用外部初始化的awk变量。这就是-v参数的作用。
最后但并非最不重要的是，您需要修复filename中的小写“N”。

Answer 3

这里我给出完整的脚本：

for fileName in 4440319.3_genus.txt 4440372.3_genus.txt 4440373.3_genus.txt 4440378.3_genus.txt 4440379.3_genus.txt 4440380.3_genus.txt 4440381.3_genus.txt
do
   echo $fileName
   for number in 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8 0.9 0.95
   do  
      NUM={awk -v n=$number '$5<n{a++}END{print a}'} 
      echo "$NUM records is less than $number"
   done
done
exit 0

发送到wc -l的awk命令的回声错误

3 个答案: