Question

我的目录中包含.txt文件（2000个文件）。他们有很长的名字。我想编辑他们的名字，只是将他们名字中的某些字母作为文件名保留。像这样：

UNCID_279113.TCGA-A6-2683-01A-01R-0821-07.100902_UNC7-RDR3001641_00025_FC_62EPOAAXX.1.trimmed.annotated.gene.quantification.txt

我想删除这个长名称，只保留从TCGA开始并在三个-之后结束的名称;例如，我的新文件名是：TCGA-A6-2683-01A 有谁知道如何在一个目录中为整个文件执行此操作？

Answer 1

假设文件在当前目录中：

library(gsubfn)

pat <- "TCGA-[^-]*-[^-]*-[^-]*"
file.names <- dir(pattern = pat)
new.names <- strapplyc(file.names, pat, simplify = TRUE)
file.rename(file.names, new.names)

创建shell /批处理脚本以下是一个变体。它生成UNIX shell文件或Windows批处理文件。然后，您可以查看该文件并运行它：

# UNIX
writeLines(paste("mv", file.names, new.names), con = "tcga_rename.sh")
shell("tcga_rename.sh")

或在Windows上：

# Windows
writeLines(paste("rename", file.names, new.names), con = "tcga_rename.bat")
shell("tcga_rename.bat")

修订：考虑pat，简化和添加变体。

Answer 2

假设您的文件位于当前工作目录中，请尝试

library(stringr)

files <- list.files(".", pattern=".txt")
file.rename(files, str_extract(files, "TCGA(-\\w+){3}"))

Answer 3

您可以这样做：

pattern <- ".*(TCGA-[^-]+-[^-]+-[^-]*).*"
file.rename(
  list.files("."),
  sub(pattern, "\\1", list.files("."))
)

但是要非常小心sub命令执行你认为它将在你运行完整的东西之前做的事情（即只运行sub篇幅）。如果不知道文件名中有哪些模式，很难确定这不会导致问题。

此外，在这种情况下，将list.files(".")替换为您的目录。请注意，您不需要首先过滤我们与模式匹配的文件，因为sub只会修改与模式匹配的文件名（如果您有很多文件，则不会超级高效） t匹配模式，但更容易编写，如果有问题，你可以像Greg Snow那样使用pattern参数。）

Answer 4

您可以使用list.files()获取目录中的文件名列表，然后使用正则表达式替换来编辑名称，然后file.rename实际重命名。

像（未经测试）的东西：

curfiles <- list.files(pattern='TCGA') # only grab files with TCGA in them
newfiles <- sub("^.*(TCGA-[a-zA-z0-9]+-[a-zA-Z0-9]+-[a-zA-Z0-9]+).*$", "\\1", curfiles)
file.rename(curfiles,newfiles)

如何一次编辑多个文件名？

4 个答案: