Question

我想使用trans包的soil.spec函数来使用连续体移除来转换光谱。但我不理解原始光谱"raw"

的数据格式

功能示例是：

trans(raw, tr = "continuum removed", order = , gap = )

有人可以向我展示"raw"矩阵

的示例

Answer 1

对于连续体移除，您也可以使用prospectr包

require(prospectr)
data(NIRsoil)

如果你的光谱数据是吸光度单位，那么：

crt <- continuumRemoval(X = NIRsoil$spc, type = 'A')

matplot(x = colnames(NIRsoil$spc), y = t(crt), 
        type = "l", lty = 1, 
        xlab = "Wavelengths (nm)", 
        ylab = "Absorbance (CR)",
        col = palette(gray(seq(0, 0.9, len = 25))))

如果光谱数据是反射单位，则type参数必须设置为'R'。

Answer 2

我不得不说soil.spec包在文档上非常弱。但是，根据其中一个I / O工具的引用，

read.spc将文件夹中的二进制光谱spc文件读入R. 光谱可以兼容（参见make.comp中的详细信息）第一个采样波段或ICRAF的标准波段光谱实验室。收集来自扫描方法的信息检查光谱的可比性。默认设置已设置为ICRAF 光谱带

我怀疑你需要以“光谱spc文件”格式提供你的文件，假设这是一个行业标准。最好的选择可能是直接联系包维护者。

Answer 3

要使用soil.spec库获取光谱的连续谱移除转换，请按以下步骤操作：

准备原始光谱表并确保其列包含要转换的光谱数据。

删除所有非谱列并确保没有缺失值。

将原始光谱表的列名称设为数字格式。
继续运行转换，如下所示;

raw.cw＆lt; -trans（raw，tr =“continuum removed”，order = 1，gap = 21）

raw.cw包含转换前的原始光谱，现在在您的案例连续体中移除的转换光谱矩阵和使用的转换方法。

要查看这三个对象：

姓名（raw.cw）; raw.cw是一个任意对象名，分配给通过其他trans函数获得的结果。

使用R系统中使用的标准语法从结果中提取连续谱移除的光谱：

cw.spectra＆LT; -raw.cw $反

我们正在更新soil.spec软件包的文档，当我们发布下一个更新版本时，将包含其中一些解释，这将为处理光谱数据带来更多功能。

请告诉我这是否有帮助，但如果您在遵循本指南以获得预期结果时遇到任何困难，我将很乐意为您提供帮助。

最佳，

安德鲁

ICRAF

R中soil.spec包中的数据格式

3 个答案: