计算igraph中的共生性

Question

我有一个数据集如下：

set.seed(123)
A = data.frame(rnorm(10),rnorm(10),rnorm(10),rnorm(10))

然后使用igraph包来制作以下网络：

inv<-cor(t(A))
inv[inv<0.5] <- 0
inv[inv==1] <- 0
g1 <- graph.adjacency(inv, mode = "undirected", diag=FALSE, weighted=TRUE)

现在计算g1的配对系数，

assortativity (g1, types1, types2 = NULL, directed = TRUE)

我现在的问题是，如何设置“类型”，它在文档中说，它是顶点值。究竟是什么意思？我想计算网络中任何5个顶点的共生性。谁能告诉我这是怎么做到的？

Answer 1

所以我猜你想要名义版的同性恋。例如

V(g1)$foo <- sample(1:3, replace=TRUE, vcount(g1))
assortativity.nominal(g1, types=V(g1)$foo)
# [1] -0.2270916

类型必须是从1开始的整数。请参阅文档中的详细信息。