Question

这是我的第三篇文章并试图解决这个问题，首先是这个问题使用numpy.dot（A，A.T）出现，其中A很大，150,000 x 265个元素。

使用numpy，我找回了一个包含许多缺失值的数组，它们只是零。我试过通过CBLAS打电话给BLAS。我收到了分段错误错误大阵列。

我在拥有大约250 GB可用内存的计算机上运行它。谢谢你的阅读...

#include <stdio.h>              /* I/O lib         ISOC  */
#include <stdlib.h>             /* Standard Lib    ISOC  */
#include <cblas.h>              /* C BLAS          BLAS  */
#include "blaio.h"

int main(int argc, char **argv) {

int row = 100000;
int col = 265;

float *a, *b, *c;

a = (float *) malloc(row * col * sizeof(float));
b = (float *) malloc(row * col * sizeof(float));
c = (float *) malloc(row * row * sizeof(float));

int i, end;
end = row * col;
for(i=0; i<end; i++)
{
    a[i] = 1.0;
    b[i] = 1.0; 
}

for(i=0;  i<(row*row); i++)
    c[i] = 2.0;

//          row_order      transform     transform     rowsA colsB  K   alpha  a  lda  b  ldb  beta  c   ldc
cblas_sgemm(CblasRowMajor, CblasNoTrans, CblasNoTrans, row,  row,  col, 1.0f,  a, col, b, row, 0.0f, c,  row);


int num_bad = 0;
for(i=0; i<(row*row); i++)
{
    if (c[i] != col)
        {
        printf("Bad value found: %f,  at index: %i\n", c[i], i );
        num_bad += 1;
        }
}

printf("Number of bad values found: %i \n\n", num_bad);


//printMatrix(CblasRowMajor, row, row, c, 8, 3, NULL, NULL, NULL, NULL, NULL, "c = ");

return 0;
} /* end func main */

更新： Ray熟练地注意到我通过cblas使用的blas必须是32位且无法访问数组索引。因此，我安装了blas64.x86_64和blas64-devel.x86_64。

然后，重写上面几行代码，使用直接调用sgemm而不用cblas。

#include <stdio.h>              /* I/O lib         ISOC  */
#include <stdlib.h>             /* Standard Lib    ISOC  */

int main(int argc, char **argv) {

int row = 100000;
int col = 265;

float *a, *b, *c;

a = (float *) malloc(row * col * sizeof(float));
b = (float *) malloc(row * col * sizeof(float));
c = (float *) malloc(row * row * sizeof(float));

int i, end;
end = row * col;

for(i=0; i<end; i++)
    {
    a[i] = 1.0;
    b[i] = 1.0; 
    }

for(i=0;  i<(row*row); i++)
    c[i] = 2.0;

float alpha = 1.0, beta = 1.0;
sgemm_('N','N', &row,  &row,  &col, &alpha,  &a[0], &col, &b[0], &row, &beta, &c[0],  &row);

我编译：

gcc sgemm_test_fortran.c -o test  -L /usr/lib64 -lblas64

编译的代码，我认为它可能会运行.. :)

Answer 1

问题是输出矩阵的大小（100,000x100,000 = 1e10个元素）无法存储在int（2.14e9）中。您可以通过将类型切换为size_t来修复C ++代码，但是您将在BLAS库中遇到同样的问题。

您需要做的是使用编译为使用8字节整数的BLAS库;大多数BLAS库都是用4字节整数编译的。你没有提到你要链接的BLAS库，因此很难猜出你系统上正确的库名是什么（如果它存在）。

CBLAS分段故障与大阵列

1 个答案: