GROMACS：非法指令（核心倾销）

Question

我有一个错误：非法指令（核心转储）。我该怎么办？

使用GROMACS时，我遇到了这个错误，这是我研究的一个软件包。我不认为这是GROMACS的错误，而是C的错误，因为GROMACS是用C ++编写的（我知道这是在谷歌搜索后）。这就是我把这个问题放在这里的原因。我对C一无所知。难道无法解决吗？

Answer 1

你自己编译GROMACS了吗？最重要的是，您是否在编译它的同一台机器上执行该软件？

在计算机（群集的登录节点）上编译GROMACS并尝试在另一台计算机（群集的计算节点）上使用可执行文件并使用较差的指令集时，我遇到了同样的问题。

如果是这样，请查看this page of the GROMACS manual (this depends on the version you are trying to compile)以确定不同计算机的最高公共指令集，并使用-DGMX_SIMD的适当值重新编译gromacs。就我而言，它看起来像：

cmake .. -DGMX_SIMD=SSE4.1

Answer 2

这是my conversation to GROMACS team。简而言之：

• 安装fftw3 by ./configure --enable-float，make，make install
• 按cmake .. -DCMAKE_PREFIX_PATH=/usr/local，make和make install
安装gromacs
• 如果说未安装GROMACS，则使用source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC（您可能需要将此行添加到~/.bashrc文件中，以便在您打开新shell时自动激活<） / LI>

如果您使用旧机器，我认为您应该使用旧版本。希望这有帮助：）

Answer 3

为要运行它的机器编译GROMACS。最容易在您运行它的机器上完成。