从命令提示符运行rpy2

Question

我想让rpy2使用我的标准python设置。为此，我首先创建了一个测试文件，以查看是否所有内容都按原样导入。这是我的档案rtest.py

import rpy2
from rpy2.robjects import r

print dir(r)

从我的python shell运行这3行就可以了，这意味着如果我在IDLE中打开文件并运行它，它会返回一个字符串列表，就像它应该的那样。

但是，当我尝试从命令提示符运行相同的文件时出现问题，我收到以下错误消息：

Traceback (most recent call last):
  File "c:\rtest.py", line 2, in <module>
    from rpy2.robjects import r
  File "C:\Python27\lib\site-packages\rpy2\robjects\__init__.py", line 18, in <module>
    from rpy2.robjects.robject import RObjectMixin, RObject
  File "C:\Python27\lib\site-packages\rpy2\robjects\robject.py", line 5, in <module>
    rpy2.rinterface.initr()
RuntimeError: R_USER not defined.

我不知道为什么突然间，python找不到R_USER。它在标准IDLE环境中找到它没有问题。

Answer 1

您可以尝试在系统变量中添加新的环境变量。将其命名为R_USER，其值为当前的Windows用户。