Question

我知道这很容易，但我无法让它发挥作用。我试图使用sed重命名标头，虽然reg experssion工作，但我不能重命名fasta标头。这是一个小例子。我有一个多序列fasta文件，如下所示

>Bra000001
CTTATTTTCTCCTTCACCACCGTACCACAGAAAAAAACTGTGATTTTAAA
AGCCACATTTACTTCTTTTTTTGTTGGGTCTAAATGTTAAAATAACATGT
>Bra000002
TTTATGTAGTACTGGACTAATCGGGTAGGGAAACAATCTTGATTTAGCAA
TACAGTGTAATAACTAATAATCATATTCATATTCCATAAATCCAAATGTT

现在我只想在这个

的fasta标题末尾添加“Brassica rapa”

>Bra000001 Brassica rapa
CTTATTTTCTCCTTCACCACCGTACCACAGAAAAAAACTGTGATTTTAAA
AGCCACATTTACTTCTTTTTTTGTTGGGTCTAAATGTTAAAATAACATGT
>Bra000002 Brassica rapa
TTTATGTAGTACTGGACTAATCGGGTAGGGAAACAATCTTGATTTAGCAA
TACAGTGTAATAACTAATAATCATATTCATATTCCATAAATCCAAATGTT

我这样做是为了让它发挥作用

grep ">" in.fa | sed 's/$/ Brassica rapa/' > out.fa

但是通过这样做，我只能更改标题，但这里没有序列信息。理想情况下，我想改变标题并保持序列不变。

Answer 1

您只能使用sed替换命令，检查行是否以>字符开头，将整行分组并在末尾追加您的字符串，如：

sed 's/^\(>.*\)$/\1 Brassica rapa/' infile

它产生：

>Bra000001 Brassica rapa
CTTATTTTCTCCTTCACCACCGTACCACAGAAAAAAACTGTGATTTTAAA
AGCCACATTTACTTCTTTTTTTGTTGGGTCTAAATGTTAAAATAACATGT
>Bra000002 Brassica rapa
TTTATGTAGTACTGGACTAATCGGGTAGGGAAACAATCTTGATTTAGCAA
TACAGTGTAATAACTAATAATCATATTCATATTCCATAAATCCAAATGTT

Answer 2

awk这样做很简单。

awk '/^>/ {$0=$0 " Brassica rapa"}1' in.fa >out.fa
>Bra000001 Brassica rapa
CTTATTTTCTCCTTCACCACCGTACCACAGAAAAAAACTGTGATTTTAAA
AGCCACATTTACTTCTTTTTTTGTTGGGTCTAAATGTTAAAATAACATGT
>Bra000002 Brassica rapa
TTTATGTAGTACTGGACTAATCGGGTAGGGAAACAATCTTGATTTAGCAA
TACAGTGTAATAACTAATAATCATATTCATATTCCATAAATCCAAATGTT

Answer 3

sed '/^>/ s/$/ Brassica rapa/' YourFile

或

sed 's/^>.*/& Brassica rapa/' YourFile

如何使用sed重命名fasta文件头

3 个答案: