在R中按颜色创建矩阵

Question

假设我已经创建了一个测试矩阵4 * 4矩阵：

varieties = c("A", "B", "C", "D")
matVar = matrix(c(1,5,3,4,8,5,2,8,9,4,6,5,3,7,3,2), nrow = length(varieties), ncol = length(varieties))

我有一个矩阵，如下所示：

     [,1] [,2] [,3] [,4]
[1,]    1    8    9    3
[2,]    5    5    4    7
[3,]    3    2    6    3
[4,]    4    8    5    2

如何在R中创建热图图像，以便将行和列命名为变量（A，B，C，D），并根据该变量组合之间的值对颜色进行分级？

我尝试了以下内容：

library(reshape2)
library(ggplot2)
tdm <- melt(matVar)

ggplot(tdm, aes(x = varieties, y = varieties, fill = factor(value))) +
  labs(x = "Variety", y = "Variety", fill = "Value") +
  geom_raster()

得到错误：

Error: Aesthetics must either be length one, or the same length as the dataProblems:varieties, varieties

感谢任何建议！

Answer 1

这样的东西？

library(reshape2)
library(ggplot2)
df <- data.frame(id=varieties,matVar)
colnames(df)[2:ncol(df)] <- varieties
gg <- melt(df, id="id")
ggplot(gg, aes(x=id,y=variable,fill=value))+
  geom_tile()+
  scale_fill_gradient(low="#FFFF88",high="#FF0000")+
  coord_fixed()

备注：

使用
1. coord_fixed()，因此瓷砖是方形的。
2. scale_fill_gradient(...)用于将填充颜色设置为黄色 - 红色。有关其他选项，请查看scale_fill_gradientn(...)和scale_fill_gradient2(...)的文档。

Answer 2

传递给aes()的值需要与数据表中的列名匹配 - 在这种情况下，使用Var1和Var2（{{1}生成的默认变量名称而不是melt()：

variables

如果您想要连续的颜色渐变而不是离散颜色，只需使用ggplot(tdm, aes(x = Var1, y = Var2, fill = factor(value)) + labs(x = "Variety", y = "Variety", fill = "Value") + geom_raster() 代替value。