Question

我想将一些简短的脚本集成到一个脚本中，我可以从命令行更新输入文件的参数。我正在浏览22个文件并计算$5!="1"的行数。这是输入文件的示例头：目前，我有以下3个短脚本：

CHROM POS   N_ALLELES N_CHR {FREQ}
2   45895   2   162 0.993827    0.00617284
2   45953   2   162 0.993827    0.00617284
2   264985  2   162 1   0
2   272051  2   162 0.944444    0.0555556

1）计数行（保存为wcYRI.sh）：$5!="1"{sum++}END{print sum}

2）应用linecount（保存为check-annos.sh）：awk -f wcYRI.sh ~/folder$1/file$1

3）对22个文件应用linecount，对输出求和：

    for i in {1..22}; 
    do sh check-annos.sh $i; done 
    | awk '{sum+=$1}END{print sum}'

它相对简单，但有时脚本1对于看起来像这样的数据文件会更长一点：

Chr Start   End Ref Alt Func.refGene    Gene.refGene    ExonicFunc.refGene  AAChange.refGene    LJB2_SIFT   LJB2_PolyPhen2_HDIV LJB2_PP2_HDIV_Pred  LJB2_PolyPhen2_HVAR LJB2_PolyPhen2_HVAR_Pred    LJB2_LRT    LJB2_LRT_Pred   LJB2_MutationTaster LJB2_MutationTaster_Pred    LJB_MutationAssessor    LJB_MutationAssessor_Pred   LJB2_FATHMM LJB2_GERP++ LJB2_PhyloP LJB2_SiPhy
16  101593  101593  C   T   exonic  POLR3K  nonsynonymous SNV   POLR3K:NM_016310:exon2:c.G164A:p.G55E   0.000000    0.997   D   0.913   D   0.000000    D   0.999989    D   2.205   medium  0.99    5.3 2.477000    17.524

...我正在使用像这样的awk文件（执行数组匹配）作为输入-f到上面的脚本2：

NR==FNR{
    arr[$1$2];next
}   
    $1$2 in arr && $0~/exonic/&&/nonsynonymous SNV/{nonsyn++};
    $1$2 in arr && $0~/exonic/&&/synonymous SNV/ && $0!~/nonsynonymous/{syn++}
END{
    print nonsyn,"nonsyn YRI","\t",syn,"YRI syn"
}

我的目标是将此过程进一步整合，因此我不需要进入脚本2并每次都更改~/folder$1/file$1 - 我希望能够使用{ {1}}作为命令行的输入。但是，当我尝试在命令行的for循环中使用这样的东西时，它并不接受~/folder$1/file$1在将$1构建到被调用的单独脚本中时的方式$1 for-do-done循环（如脚本3 - 脚本3将采用脚本2，但我只能将脚本2的内容明确地输入到for循环中作为参数）。

我实际上并不那么担心有一个单独的AWK文件来处理行解析，主要的是让我烦恼的是我正在为每个文件夹/文件集修改脚本2，我希望能够做到这一点从命令行，以便脚本知道我何时告诉它~/folder$1/file$1，循环通过数字1-22我可以为此过程保存一个通用脚本，因为我有许多文件夹/文件组合要查看。

任何建议都赞赏缩短管道，但具体来说命令行参数问题让我烦恼不已！

Answer 1

如果我正确理解了问题，我会看到两种方法来处理它。如果路径格式一致（即数字始终出现两次，在相同位置），则可以使脚本接受路径的各个部分作为两个不同的参数。该脚本如下所示：

#!/bin/bash
folderPrefix="$1"
filePrefix="$2"

for num in {1..22}; do
    awk -f wcYRI.sh "$folderPrefix$num/$filePrefix$num"
done | 
    awk '{sum+=$1}END{print sum}'

...然后你用./scriptname ~/folder file运行它。或者，如果您需要能够更灵活地定义文件夹/文件路径格式，您可以执行以下操作：

#!/bin/bash

for num in {1..22}; do
    eval "awk -f wcYRI.sh $1"
done | 
    awk '{sum+=$1}END{print sum}'

...然后使用./scriptname '~/folder$num/file$num'运行它。请注意，此处需要使用单引号，以便$var引用不会展开，直到eval强制它们为止。

BTW，文件wcYRI.sh是一个awk脚本，而不是shell脚本，因此我建议更改其文件扩展名以防止混淆。实际上，执行此操作（对于shell和awk脚本）的首选方法是在脚本中添加一个shebang行作为第一行（请参阅上面的示例;对于awk脚本，它将是#!/usr/bin/awk -f），然后使脚本可执行，然后只用./scriptname运行它，让shebang负责指定解释器（sh，bash，awk -f，等等）。

将多个shell脚本集成到一个脚本中

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