Question

所以我试图在R中运行'genie3'算法（ref：http://homepages.inf.ed.ac.uk/vhuynht/software.html），它使用'randomForest'方法。

我遇到了以下错误：

> weight.matrix<-get.weight.matrix(tmpLog2FC, input.idx=1:4551)
Starting RF computations with 1000 trees/target gene,
and 67 candidate input genes/tree node
Computing gene 1/11805
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Rerun with Debug
Error in randomForest.default(x, y, mtry = mtry, ntree = nb.trees, importance = TRUE,  : 
NA not permitted in predictors

所以我检查了我的数据中是否存在NA，并且没有：

> NAs<-sapply(tmpLog2FC, function(x) sum(is.na(x)))
> length(which(NAs!=0))
[1] 0

然后，我尝试编辑特定的'get.weight.matrix（）'函数，通过更改此行来省略NAs（以防万一）：

rf <- randomForest(x, y, mtry=mtry, ntree=nb.trees, importance=TRUE, ...)

要：

rf <- randomForest(x, y, mtry=mtry, ntree=nb.trees, importance=TRUE, na.action=na.omit)

然后我获取了代码，并通过单独调用它（并显示实际脚本）来检查它是否包含了更改：

    }
    target.gene.name <- gene.names[target.gene.idx]
    # remove target gene from input genes
    these.input.gene.names <- setdiff(input.gene.names, target.gene.name)
    x <- expr.matrix[,these.input.gene.names]
    y <- expr.matrix[,target.gene.name]
    rf <- randomForest(x, y, mtry=mtry, ntree=nb.trees, importance=TRUE, na.action=na.omit)

但是在尝试重新运行时，我得到了同样的错误：

Error in randomForest.default(x, y, mtry = mtry, ntree = nb.trees, importance = TRUE,  : 
NA not permitted in predictors

有没有人遇到类似的东西？关于我能做什么的任何想法？

提前致谢。

*编辑：正如建议的那样，我重新运行调试：

> weight.matrix<-get.weight.matrix(tmpLog2FC, input.idx=1:4551)
Starting RF computations with 1000 trees/target gene,
and 67 candidate input genes/tree node
Computing gene 1/11805
Error in randomForest.default(x, y, mtry = mtry, ntree = nb.trees, importance = TRUE,  : 
NA not permitted in predictors
Called from: randomForest(x, y, mtry = mtry, ntree = nb.trees, importance = TRUE, 
na.action = na.omit)
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调试显示我怀疑的行正在抛出错误，但它以“na.action = na.omit”的形式显示在编辑过的表单中。我更加困惑。没有NA的数据集如何使用允许省略NA的代码运行，如何显示此错误？

Answer 1

您可以使用以下命令查找行列表，如果任何预测变量没有值，则会显示该行列表。

数据[！complete.cases（数据），]

仔细检查行，就像我的情况一样，行没有值＆＃34; ,,,,,,,,,＆＃34; （在我的文件列中，预测变量是逗号在射频运行时显示为NA。

您可以删除这些行。

谢谢

randomForest错误：预测变量中不允许NA（但数据中没有NA）

1 个答案: