获取GC含量和基因长度列表

Question

我希望得到一个表格，其中包含基因，基因的GC含量以及50k +基因的基因长度。

我听说我可以从UCSC基因组浏览器中获取此信息，但我不知道如何...非常感谢您的帮助！

Answer 1

您可以使用awk脚本。确保每个基因的序列都在一行。这样就可以得到每行的GC含量。

awk '{gsub("N","");t=length();gsub(/[GC]/,"");print int((t-length())/t*100)/100}'