Question

我是sed和awk的初学者，但我可以完成基本任务。我的工作有问题，包括将文件中的某些行从一个地方重新排列到另一个地方。

在下面的示例中，我想捕获包含模式的行＆＃34; O＆＃34; （使用空格），并在包含模式的行之前移动它＃34; N＆＃34;这样：

    ATOM   1771  C   ALA A  61      48.797 
    ATOM   1772  O   ALA A  61      49.998 
    ATOM   1773  CB  ALA A  61      48.018 
    ATOM   1774  HB1 ALA A  61      48.964 
    ATOM   1775  HB2 ALA A  61      47.476 
    ATOM   1776  HB3 ALA A  61      47.420 
    ATOM   1777  N   LYS A  62      47.854 
    ATOM   1778  H   LYS A  62      46.979 
    ATOM   1779  CA  LYS A  62      48.163 
    ATOM   1780  HA  LYS A  62      49.236 
    ATOM   1781  C   LYS A  62      47.633 
    ATOM   1782  O   LYS A  62      47.789 
    ATOM   1783  CB  LYS A  62      47.541 
    ATOM   1784  HB2 LYS A  62      47.693 
    ATOM   1785  HB3 LYS A  62      46.473 
    ATOM   1798  HZ3 LYS A  62      45.853 
    ATOM   1799  N   GLY A  63      47.001 
    ATOM   1800  H   GLY A  63      46.906

变为：

    ATOM   1771  C   ALA A  61      48.797 
    ATOM   1773  CB  ALA A  61      48.018 
    ATOM   1774  HB1 ALA A  61      48.964 
    ATOM   1775  HB2 ALA A  61      47.476 
    ATOM   1776  HB3 ALA A  61      47.420 
    ATOM   1772  O   ALA A  61      49.998 
    ATOM   1777  N   LYS A  62      47.854 
    ATOM   1778  H   LYS A  62      46.979 
    ATOM   1779  CA  LYS A  62      48.163 
    ATOM   1780  HA  LYS A  62      49.236 
    ATOM   1781  C   LYS A  62      47.633 
    ATOM   1783  CB  LYS A  62      47.541 
    ATOM   1784  HB2 LYS A  62      47.693 
    ATOM   1785  HB3 LYS A  62      46.473 
    ATOM   1798  HZ3 LYS A  62      45.853 
    ATOM   1782  O   LYS A  62      47.789 
    ATOM   1799  N   GLY A  63      47.001 
    ATOM   1800  H   GLY A  63      46.906

有什么建议吗？非常感谢你的时间！

Answer 1

这应该有效：

awk '$3 == "O" { T = $0; next; } $3 == "N" && T { print T; T = 0; } 1' your_file.txt

确切输出：

    ATOM   1771  C   ALA A  61      48.797 
    ATOM   1772  O   ALA A  61      49.998 
    ATOM   1773  CB  ALA A  61      48.018 
    ATOM   1774  HB1 ALA A  61      48.964 
    ATOM   1775  HB2 ALA A  61      47.476 
    ATOM   1776  HB3 ALA A  61      47.420 
    ATOM   1777  N   LYS A  62      47.854 
    ATOM   1778  H   LYS A  62      46.979 
    ATOM   1779  CA  LYS A  62      48.163 
    ATOM   1780  HA  LYS A  62      49.236 
    ATOM   1781  C   LYS A  62      47.633 
    ATOM   1782  O   LYS A  62      47.789 
    ATOM   1783  CB  LYS A  62      47.541 
    ATOM   1784  HB2 LYS A  62      47.693 
    ATOM   1785  HB3 LYS A  62      46.473 
    ATOM   1798  HZ3 LYS A  62      45.853 
    ATOM   1799  N   GLY A  63      47.001 
    ATOM   1800  H   GLY A  63      46.906

Answer 2

使用perl one-liner

perl -ane '$F[2] eq "O" ? $o = $_ : print $F[2] eq "N" ? ($o, $_) : $_' file

说明：

切换：

-a：拆分空间线并将其加载到数组@F
-n：为输入文件中的每一行创建一个while(<>){..}循环。
-e：告诉perl在命令行上执行代码。

Answer 3

这也有效，

$ awk -v RS="\0" -v FS='\n' '{for (i=1;i<=NF; i++) {if ($i~/\s*ATOM\s*[0-9]+\s*O.*/) {var=$i;} else if($i~/\s*ATOM\s*[0-9]+\s*N.*/) {print var"\n"$i} else print $i;}}' file
    ATOM   1771  C   ALA A  61      48.797 
    ATOM   1773  CB  ALA A  61      48.018 
    ATOM   1774  HB1 ALA A  61      48.964 
    ATOM   1775  HB2 ALA A  61      47.476 
    ATOM   1776  HB3 ALA A  61      47.420 
    ATOM   1772  O   ALA A  61      49.998 
    ATOM   1777  N   LYS A  62      47.854 
    ATOM   1778  H   LYS A  62      46.979 
    ATOM   1779  CA  LYS A  62      48.163 
    ATOM   1780  HA  LYS A  62      49.236 
    ATOM   1781  C   LYS A  62      47.633 
    ATOM   1783  CB  LYS A  62      47.541 
    ATOM   1784  HB2 LYS A  62      47.693 
    ATOM   1785  HB3 LYS A  62      46.473 
    ATOM   1798  HZ3 LYS A  62      45.853 
    ATOM   1782  O   LYS A  62      47.789 
    ATOM   1799  N   GLY A  63      47.001 
    ATOM   1800  H   GLY A  63      46.906

Answer 4

另一个awk

awk '$3=="O" {f=$0;next} $3=="N" {$0=f RS$0}1'
    ATOM   1771  C   ALA A  61      48.797
    ATOM   1773  CB  ALA A  61      48.018
    ATOM   1774  HB1 ALA A  61      48.964
    ATOM   1775  HB2 ALA A  61      47.476
    ATOM   1776  HB3 ALA A  61      47.420
    ATOM   1772  O   ALA A  61      49.998
    ATOM   1777  N   LYS A  62      47.854
    ATOM   1778  H   LYS A  62      46.979
    ATOM   1779  CA  LYS A  62      48.163
    ATOM   1780  HA  LYS A  62      49.236
    ATOM   1781  C   LYS A  62      47.633
    ATOM   1783  CB  LYS A  62      47.541
    ATOM   1784  HB2 LYS A  62      47.693
    ATOM   1785  HB3 LYS A  62      46.473
    ATOM   1798  HZ3 LYS A  62      45.853
    ATOM   1782  O   LYS A  62      47.789
    ATOM   1799  N   GLY A  63      47.001
    ATOM   1800  H   GLY A  63      46.906

Answer 5

这可能适合你（GNU sed）：

sed '/\sO\s/{h;d};/\sN\s/{H;x}' file

将O行保存在保留空间中，然后将其删除，将N行附加到该行并同时打印出来。

使用sed将匹配特定模式的线移动到与不同模式匹配的另一条线

5 个答案:

说明：