Question

我正在尝试捕获通过python启动的进程的输出以进行日志记录。但出于某种原因，尽管我的所有尝试都没有解决这个问题的解决方案似乎没有。有人可以帮忙吗？我的代码如下所示：

cmd = 'cat input.fq | fastx_clipper -Q33 -a TGGAATTCTCGGGTGCC -l 5 -c -n -v | fastx_trimmer -Q33 -f 2 > ../results/trimmed.fq' 
p = Popen(cmd,shell=True,stdout = PIPE) 
for line in p.stdout:output.write(line)

Answer 1

> ...将命令的输出重定向到文件;因此，你不会从命令中得到任何输出。删除> ...部分：

cmd = 'cat input.fq | fastx_clipper -Q33 -a TGGAATTCTCGGGTGCC -l 5 -c -n -v | fastx_trimmer -Q33 -f 2'

Answer 2

> ../results/trimmed.fq确实会将命令的输出重定向到../results/trimmed.fq，如同falsetru所说，所以你不应期望在p.stdout中打印任何行。但是，如果在运行命令后该文件仍为空，我怀疑input.fq或fastx_clipper中的参数有问题。

另外，我只想指出，如果要将输出写入文件并在终端中显示，可以使用tee命令。它看起来像这样：

'cat input.fq | fastx_clipper -Q33 -a TGGAATTCTCGGGTGCC -l 5 -c -n -v | fastx_trimmer -Q33 -f 2 | tee ../results/trimmed.fq'

从Python子进程读取stdout

2 个答案: